Çora, TülinÖzel, Çağlayan2023-08-142023-08-1420202020-07-21Özel, Ç., (2020). Endometriumda Peri-İmplantasyon Döneminde Histon Modifikasyon Enzimlerinin ve Kromatin Yeniden Modelleme Faktörlerinin MRNA Profillerinin Araştırılması: Koyun Modeli. (Doktora Tezi). Selçuk Üniversitesi, Sağlık Bilimler Enstitüsü, Konya.https://hdl.handle.net/20.500.12395/49487Erken gebelik dönemi; gebelik süresince devam edecek olan anne ile yavru arasındaki iletişimin başlaması, annenin gebeliği tanıması ve kabulü, embriyonun ana rahmine tutunumu ve yavru zarlarının şekillenmesi gibi başarılı bir gebeliğin sürdürülebilmesi adına gerekli olan kritik olayları içerir. Gebelik süresince farklılaşmış gen ekspresyonu, östrojen ve progesteron hormonlarının etkisi ile kontrol edilmektedir. Epigenetik mekanizmalar DNA dizisinde değişim yapmaksızın, hücresel gen ekspresyonlarını düzenlemektedir. Gen ekspresyonu siklik-gebelik endometriumun transformasyonu, farklılaşması, gelişimi, anjiyogenezi, rejenerasyonu ve endometrial yeniden modellenme gibi fizyolojik olaylarla ilişkilendirilir. Ancak, endometriumda epigenetik mekanizmaların rolü henüz tüm hatlarıyla aydınlatılabilmiş değildir. Bu tez çalışması kapsamında koyun model organizması ile oluşturulan gebelik modelinde, peri-implantasyon sürecinde (12. gün; implantasyon öncesi / 16. gün; sıkı fiziksel tutunum / 22. gün; implantasyon sonrası, invazyon şeklinde 3 grup ve kontrol amaçlı siklik karşılıkları ile birlikte toplam 6 grup, her bir grup için n=4) maternal endometriumda epigenetik histon modifikasyon enzimlerinin ve kromatin yeniden modelleme faktörlerinin ekspresyon (mRNA) profillerinin araştırılması hedeflenmiştir. Çalışma neticesinde profillenen 45 hedef gen ve siklik-gebe olmak üzere 6 farklı grupta istatistiksel olarak anlam ifade eden toplam 67 düzenlenme kaydedilmiştir. Siklusta 12 hedefe ilişkin düzenlenme kaydedilirken, gebe gruplar arasında 38 düzenleme tespit edilmiştir. Siklus-gebe gruplar arasında ise toplam 17 düzenlenme kaydedilmiştir. Araştırılan hedeflerin bir kısmı progesteron bağımsız olarak embriyo ilintili biçimde anlamlı düzenlenmelere dahil olsalar da, katlanmanın çok radikal (2-10 kat) olduğu AURKA, AURKB bu çalışma neticesinde ön plana çıkmıştır. Sonuç olarak çalışma neticesinde elde edilen bulgular, koyun endometriumunda östrus siklusu ve erken gebelik döneminde gen ekspresyonlarını kontrol eden epigenetik mekanizmaların dinamik rollerinin olduğuna işaret etmektedir.The early pregnancy period involves critical events for maintaining a successful pregnancy which leads to communication between mother and offspring, maternal recognition and acceptance of pregnancy, embryo implantation to maternal uterus, and formation of the placenta. Differentiated gene expression during pregnancy is controlled by the effect of estrogen and progesterone hormones. Epigenetic mechanisms regulate cellular gene expression changes without alteration in the DNA sequence. Gene expression is associated with physiological events such as transformation, differentiation, development, angiogenesis, regeneration, and endometrial remodeling of the cyclicpregnant endometrium. However, the role of epigenetic mechanisms in the endometrium has not yet been fully elucidated. In this thesis study, our objective was to investigate the expression profiles (mRNA) of epigenetic histone modification enzymes and chromatin remodeling factors in ovine early pregnancy model during the peri-implantation stage (3 experimental groups: day 12; prior to implantation / day 16; firm adhesion / day 22; invasion or post-implantation / compared to corresponding cyclic group as a control; totally 6 groups, n = 4 each group). As a result of the study, total of 67 gene regulations were recorded, in which 45 target genes were statistically meaningful in 6 different groups in cyclic and pregnant. While arrangements for 12 targets were found in the cycle, 38 regulations were identified among pregnant groups. A total of 17 regulations were recorded between cycle-pregnant groups. Although some of the targets investigated were found to be meaningful arrangements in relation to embryo independently of progesterone, AURKA and AURKB which has 2-10 changes, came to the fore as a result of this study. In conclusion, the findings obtained as a result of the study point to the dynamic roles of epigenetic mechanisms that control gene expressions during the estrous cycle and early pregnancy in ovine endometrium.İÇİNDEKİLER Sayfa SİMGELER VE KISALTMALAR V ÖZET VII SUMMARY VIII 1. GİRİŞ 1 1.1.Erken Gebelik Dönemi 2 1.1.1.İmplantasyon süreci 4 1.2.Gen ifadesinin Düzenlenmesi 6 1.2.1.DNA Metilasyonu 9 1.2.2.Histon Asetilasyonu 10 1.2.3.Histon Metilasyonu 10 1.2.4.Histon Fosforilasyonu 11 1.2.5.Histon Ubikutinasyon 11 1.2.6.Histon Demetilasyonu 12 1.2.7.Histon Deasetilasyonu 12 1.2.8.Kromatin Yeniden Modelleme (remodeling) 13 2. GEREÇ VE YÖNTEM 16 2.1.Saha Çalışması ve Örnekleme 16 2.1.1.Hayvan Materyali 16 2.1.2.Östrus Senkronizasyonu ve Gruplandırma 16 2.1.3.Endometrium Örneklerinin Toplanması 19 2.2.Moleküler Analizler 21 2.2.1.Endometrium Örneklerinden Total RNA İzolasyonu 21 2.2.2.RNA Miktar ve Kalitesinin Belirlenmesi 21 2.2.3.DNase-I ile Total RNA’dan gDNA’nın Uzaklaştırılması 23 2.2.4.Komplementer DNA Sentezi/Revers Transkripsiyon 23 2.2.5.Oligonükleotid Primer Dizayn ve Sulandırma 24 2.2.6.Referans Gen Seçimi 28 2.2.7.Seri Sulandırmalar ile Primer Etkinliğinin Hesaplanması 28 2.2.8.İstatistik Analizleri 33 3. BULGULAR 34 iv 3.1.Primer Etkinlik Değerleri 34 3.2.RT-qPZR verilerin Normalizasyonu ve Analizi 36 4. TARTIŞMA 53 5. SONUÇ VE ÖNERİLER 58 6. KAYNAKLAR 60 7. EKLER 70 EK-A. Etik Kurul Onayı 70 EK-B. Özel İzin Belgesi 71 8. ÖZGEÇMİŞ 72trinfo:eu-repo/semantics/openAccessKoyunendometriumembriyo implantasyonuepigenetikhiston modifikasyonukromatin yeniden modellemeSheepembryo implantationepigenetichistone modificationchromatin remodelingDoctoral Thesis