Yazar "Seyhan, Tuba" seçeneğine göre listele

Listeleniyor 1 - 4 / 4
  • Küçük Resim Yok
    Öğe
    Genotype distribution of extended Spectrum beta-Lactamase producing Escherichia coli and Klebsiella pneumoniae.
    (ALLIED ACAD, 2015) Dagi, Hatice Turk; Al Dulaimi, Dhay Ali Azeez; Kus, Halit; Seyhan, Tuba; Findik, Duygu; Tuncer, Inci; Arslan, Ugur
    Extended-spectrum beta-lactamase (ESBL) production is the most important cause of beta-lactam resistance in Gram-negative bacteria. Although it may also be found in other Gram-negative bacteria, ESBL is most commonly produced by Escherichia coli and Klebsiella pneumoniae strains. In this study, we aimed to investigate the distribution of beta-lactamase genes in ESBL-producing E. coli and K. pneumoniae strains. One hundred and twenty isolates of E. coli and K. pneumoniae isolated from clinical samples were used in this study. The identification and the antibiotic susceptibility tests were performed by VITEK 2 system in accordance with the manufacturer's instructions. ESBL production was determined accoring to Clinical and Laboratory Standards Institute guidelines. The DNA isolation was performed with a commercial kit following company recommendations. (TEM)-T-bla, (SHV)-S-bla and (CTX)-C-bla-M genes were amplified by multiplex PCR with specific primers. Of the 120 isolates collected, 84 isolates were of E. coli and 36 isolates were of K. pneumoniae. (TEM)-T-bla gene was the most prevalent type (85.8%) followed by (CTX)-C-bla-M (83.3%) and (SHV)-S-bla (24.2%). No blaSHV gene was detected in the E. coli strains. Among 120 ESBL-producing strains, 10.8% were susceptible to cefepime, 10.0% to ceftazidime, while 5.0% to ceftriaxone. In conclusion, (TEM)-T-bla gene was the most frequently encountered ESBL of E. coli and K. pneumonia in our hospital. Further molecular surveillance and epidemiological studies of such resistant bacteria are recommended for monitoring and controlling the spread of ESBL producing strains.
  • Küçük Resim Yok
    Öğe
    Investigation of OXA Type Beta-Lactamases and PFGE Patterns in Acinetobacter baumannii Strains Resistant to Carbapenems
    (ANKARA MICROBIOLOGY SOC, 2014) Keyik, Serafettin; Arslan, Ugur; Dagi, Hatice Turk; Seyhan, Tuba; Findik, Duygu
    Acinetobacter baumannii is an important opportunistic and multidrug-resistant pathogen leading to nosocomial infections. Over the last 10 years, a significant and threatening increase in resistance to carbapenems, mainly due to the dissemination of class D beta-lactamases, has been reported in A.baumannii worldwide. The most common types of beta-lactamases causing carbapenem resistance in A.baumannii are the OXA-23, OXA-24, OXA-40, OXA-58 and OXA-143 type serine beta-lactamases. The aim of this study was to investigate the presence of OXA type beta-lactamases in carbapenem-resistant A.baumannii strains and the clonal relationship between the strains. A total of 105 non-duplicate carbapenem-resistant A.baumannii strains isolated from various clinical samples (68 blood, 18 bronchoalveolar lavage, 13 drainage, 3 urine, 2 cerebrospinal fluid and 1 catheter samples) in the Microbiology Laboratories of Selcuk University, Meram (2009-2012) and Selcuklu (2007-2008) Medical School Hospitals, were included in the study. The isolates were identified by conventional methods and Phoenix 100 BD (BD Diagnostic, USA) and Vitek II (bioMerieux, France) automated systems. Carbapenem susceptibility test was performed by Kirby-Bauer disk diffusion method according to the CLSI standards. bla(OXA 23-like), bla(OXA 24-like), bla(OXA 58-like) and bla(OXA 51-like) genes were amplified by multiplex PCR assay and clonal relatedness was investigated by pulsed-field gel electrophoresis (PFGE) using Apal enzyme. The bla(OXA 51-like) gene was determined in all carbapenem-resistant A.baumannii isolates, while the bla(OXA 23-like) and bla(OXA 58-like) genes were detected in 46.6% and 53.3% of isolates, respectively. However biG(OXA) (24-like) gene was not demonstrated in any isolates. bla(OXA 23-like) gene was determined in both Meram and Selcuklu Medical School hospitals, but bla(OXA 58-like) gene was detected only in Meram Medical School hospital. PFGE analysis of the isolates revealed 32 different groups in bla(OXA 23-like) producing A.baumannii strains and 23 different groups determined in bla(OXA 58-like) producing strains. No common epidemic isolates were detected in the two hospitals, however it was noted that some clones produced small outbreaks in Meram MS hospital. In this study it was shown that bla(OXA 23-like) and bla(OXA 58-like) genes together with bla(OXA 51-like) gene had significant roles in the carbapenem-resistance of A.baumanniistrains. Carbapenem-resistant A.baumannii strains producing bla(OXA 23-like) and bla(OXA 58-like) enzymes showed the epidemic potential of this nosocomial pathogen and the requirement of molecular typing methods to identify the epidemiologic relationship of the isolates.
  • Küçük Resim Yok
    Öğe
    Karbapenemlere dirençli acinetobacter baumannii suşlarında OXA tipi beta-laktamazların araştırılması ve PFGE ile genotiplendirilmesi
    (2014) Keyik, Şerafettin; Arslan, Uğur; Türk, Hatice Dağı; Seyhan, Tuba; Fındık, Duygu
    Acinetobacter baumannii hastane enfeksiyonlarına yol açan, çoklu ilaç direncine sahip fırsatçı ve önemli bir patojendir. Son 10 yıldır, D sınıfı beta-laktamazların yayılması nedeniyle A.baumannii’de karbapenemlere dirençte önemli ve tehdit eden bir artış tüm dünyadan bildirilmektedir. A.baumannii’de karbapenem direncine neden olan en yaygın beta-laktamaz tipleri OXA-23, OXA-24, OXA-40, OXA- 58 ve OXA-143 serin beta-laktamazlardır. Bu çalışmanın amacı, karbapenemlere dirençli A.baumannii suşlarında OXA tipi beta-laktamazların varlığının ve klonal ilişkilerinin araştırılmasıdır. Çalışmaya, Selçuk Üniversitesi Meram Tıp Fakültesi (2007-2008) ve Selçuklu (2009-2012) Tıp Fakültesi Mikrobiyoloji Laboratuvarlarında çeşitli klinik örneklerden (68 kan, 18 bronkoalveoler lavaj, 13 drenaj, 3 idrar, 2 beyin omurilik sıvısı, 1 kateter kültürü) izole edilen karbapenemlere dirençli 105 A.baumannii izolatı alınmıştır. Bakterilerin tanımlanması konvansiyonel yöntemler, Phoenix 100 BD (BD Diagnostic, ABD) ve Vitek II (bioMerieux, Fransa) otomatize sistemleriyle yapılmıştır. Karbapenem duyarlılık testi CLSI önerilerine göre Kirby-Bauer disk difüzyon yöntemiyle saptanmıştır. blaOXA 23-like, blaOXA 24-like, blaOXA 51-like ve blaOXA 58-like genleri multipleks polimeraz zincir reaksiyonuyla araştırılmıştır. blaOXA 23-like ve blaOXA 58-like geni taşıyan A.baumannii izolatlarının klonal ilişkisi ApaI enzimi kullanılarak değişken alanlı jel elektroforez (PFGE) yöntemiyle belirlenmiştir. Karbapenemlere dirençli A.baumannii izolatlarının hepsinde blaOXA 51-like geni tespit edilmiş; blaOXA 23-like ve blaOXA 58-like genleri izolatların sırasıyla %46.6 ve %53.3’ünde saptanırken, blaOXA 24-like hiçbir suşta saptanmamıştır. blaOXA 23-like geni hem Meram Tıp Fakültesi Hastanesinde hem de Selçuklu Tıp Fakültesi Hastanesinde izole edilen suşlarda, blaOXA 58-like geni sadece Meram Tıp Fakültesi Hastanesinde izole edilen suşlarda tespit edilmiştir. PFGE yöntemi ile blaOXA 23-like üreten A.baumannii suşlarında 32 farklı grup ve blaOXA 58-like üreten A.baumannii suşlarında 23 farklı grup belirlenmiştir. 58 like İki hastane arasında ortak bir salgın izolatı saptanmamış; ancak bazı klonların Meram Tıp Fakültesi Hastanesinde küçük salgınlar oluşturduğu görülmüştür. Bu çalışmada, A.baumannii izolatlarında görülen karbapenem direncinde, blaOXA 51-like ile birlikte blaOXA 23-like ve blaOXA 58-like genlerinin önemli rol oynadığı belirlenmiştir. Karbapenemlere dirençli blaOXA 23-like ve blaOXA 58-like üreten A.baumannii hastane suşlarının epidemik bir potansiyele sahip olduğu ve izolatların epidemiyolojik ilişkisini tanımlamak için moleküler yöntemlerin kullanılması gerektiği düşünülmüştür.
  • Küçük Resim
    Öğe
    Pneumocystis jirovecii'nin kantitatif PCR yöntemi ile tanımlanması ve diğer tanı yöntemleri ile karşılaştırılması
    (Selçuk Üniversitesi Sağlık Bilimleri Enstitüsü, 2015) Seyhan, Tuba; Fındık, Duygu
    Pneumocystis jirovecii'nin neden olduğu Pneumocystis pnömonisi günümüzde yüksek mortalite hızıyla immünsüpresif tüm hastalarda korkulan bir hastalık haline gelmiştir. Pneumocystis pnömonisi HIV ile enfekte olan hastalarda daha fazla görülmesine rağmen diğer immün yetmezlikli hastalarda da görülebilmektedir. P. jirovecii kültürde üreyemediği için tanıda kültür dışındaki yöntemlerden yararlanılmaktadır. Son yıllarda rutin boyama ve direkt floresan antikor yöntemlerinin yanında, duyarlılığı daha yüksek olan kantitatif PCR yöntemi kullanılmaya başlamıştır. Bu çalışmada Pneumocystis pnömonisi şüpheli 100 hastadan alınan solunum yolu örneklerinden kantitatif PCR, direkt floresans antikor yöntemi, Giemsa, Gomori metenamin gümüşleme boyama yöntemleri ile P. jirovecii saptanması amaçlanmıştır. Örneklerde kantitatif PCR yöntemi ile dört(%4), direkt floresans antikor yöntemi ile dört (%4), Gomori metanamin gümüşleme yöntemi ile bir örnekte P. jirovecii saptanmıştır. Giemsa yöntemi ile hiçbir örnekte P. jirovecii belirlenememiştir. Direkt floresan antikor ve Gomori metenamin gümüşleme yönteminde tespit edilen bir örnek (%1) dışında diğer bütün pozitif sonuçlar farklı hastalara ait örneklerden elde edilmiştir. Direkt floresan antikor yöntemi tanımlamada altın standart olarak kabul edilmekle birlikte tecrübe ve birikim gerektiren bir yöntemdir. PCR temelli yöntemler ise tanıda duyarlı ve altın stadartla uyumlu yöntemler olarak kullanıma girmiştir. Ancak bizim çalışmamızda testler arasında tam bir uyum bulunamamış bu da bize tanıda tek yönteme bağlı kalınmaması gerektiğini düşündürmektedir. Sonuç olarak bulgularımıza göre klinik şüphe varsa P.jirovecii tanısında en az iki yöntemin birlikte kullanılması, laboratuvar imkanları doğrultusunda hem direkt floresan antikor hem de PCR yöntemlerinin birlikte yapılması gerektiğini düşünmekteyiz.