Yazar "Umarusman, Mustafa Alparslan" seçeneğine göre listele

Listeleniyor 1 - 1 / 1
  • Küçük Resim
    Öğe
    Şeker pancarı (Beta vulgaris L.) rizosferindeki bakteriyel mikrobiyatanın belirlenerek metagenomun değerlendirilmesi ve yumuşak çürüklük etmenlerine karşı biyolojik mücadele olanaklarının araştırılması
    (Selçuk Üniversitesi, Fen Bilimleri Enstitüsü, 2024) Umarusman, Mustafa Alparslan; Baştaş, Kubilay Kurtuluş
    Yürütülen tez çalışmasında, ülkemizde ekim alanı ve üretim miktarı açısından en fazla şeker pancarı tarımı yapılan Konya ilinin, ekolojik olarak birbirinden farklı olan üç ilçesinden (Altınekin, Çumra ve Seydişehir) ve şeker pancarının üç farklı büyüme döneminde (intaş sonrası, yumru başlangıcı ve hasat öncesi) yumuşak çürüklük hastalık etmenlerine (Pectobacterium betavasculorum (Pb) ve Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum (Pcc)) karşı rizosferik mikrobiyotadan faydalı bakteriyel mikroorganizmaların elde edilmesi planlanmıştır. Arazi koşullarında yumuşak çürüklük belirtisi gösteren şeker pancarı bitkilerinden 33 patojenik bakteri (8 adet Pb, 10 adet Pcc ve 9 adet Dickeya chrysanthemi) izolatı morfolojik, biyokimyasal, fizyolojik ve moleküler yöntemlerle tanılanmıştır. Çalışmada elde edilen 3064 faydalı bakteriyel izolatından 143 tanesinin Pb'a, 119 tanesinin Pcc'a ve 39 tanesinin her iki patojene karşı antagonistik etkiye sahip oldukları belirlenmiştir. In vitro etkililik testlerinde patojenlerin %29-100 oranında baskılandığı tespit edilmiştir. Her iki patojene karşı etkili olan ve en yüksek etkililiğe sahip 15 antagonist izolat ile yumuşak çürüklüğe karşı duyarlı olan Mohican ve dayanıklı olan Rodeo şeker pancarı çeşitleri üzerinde sera denemeleri kurulmuştur. Saksı denemelerinde antagonistlerin Pb ve Pcc'u sırasıyla %49,33-90,00 ve %58,13-88,00 aralığında değişen oranlarda baskıladığı belirlenmiş ve bu antagonistler MALDITOF-MS biyotiplemesi ile tanılanmıştır. Saksı denemelerinde hastalık şiddetini en yüksek oranda baskılayan ve her iki patojen için ortak antagonistik etki gösteren 3 adet izolat 16s rRNA ile sekans edilmiş ve etmenler Pseudomonas donghuensis, Pseudomonas silesiensis ve Bacillus subtilis olarak teşhis edilmiştir. Altınekin, Çumra ve Seydişehir ilçelerinde kurulan tarla denemelerinde, tekli ve üçlü uygulamaların Pb ve Pcc'a karşı etkililiklerinin sırasıyla %27,08-83,38 ve %62,28-88,93 oranlarında hastalığı baskıladıkları belirlenmiştir. Ayrıca bu üç antagonist izolatın şeker pancarı köklerinde 4 haftalık süre içinde yüksek oranda hayatta kalabildikleri belirlenmiştir. Biyopriming uygulamalarında tohumların çimlenme ve kök gelişimine etkilerini incelemek amacıyla tohum çimlenme ve vigority oranları tespit edilmiştir. Yüksek antagonistik etki gösteren 15 antagonistin yumuşak çürüklük patojenlerinin biyofilm oluşumu baskılama potansiyelleri değerlendirilmiştir. Buna göre swarming, swimming ve twitching motility testlerinde antagonistlerin Pb ve Pcc'u karşı %13,2-81,5 aralığında, sınırladıkları saptanmıştır. QS mekanizması ile ilişkili AHL biyodegredasyon testleri sonucunda değerlendirilen 15 antagonist bakteriden 7 tanesinin kontrol grubu ile kıyaslandığında %2,01-92,83 oranlar arasında AHL miktarını azalttığı tespit edilmiştir. Yapılan in vitro test sonuçlarına göre, 2 antagonistin IAA sentezlediği, 6 antagonistin amonyak ürettiği, 5 antagonistin siderefor ürettiği, 3 antagonistin azot fiksasyonu yapabildiği, 1 antagonistin fosforu çözdüğü, 4 antagonistin ACC demainaz enzim aktivitesi gösterdiği ortaya konmuştur. Mikrobiyota tespit çalışmaları sonucunda tüm ilçelerden ve tüm gelişme dönem örneklerinde toplamda 8552 adet bakteri saptanmıştır. Belirlenen tüm bakteriler içerinde 2928 farklı bakteri türünün olduğu tespit edilmiştir. 2928 farklı bakteri tür içerisinde 87 türün tüm ilçe ve gelişme dönemlerinde ortak olarak bulunan türler olduğu metagenomik yorumlama ile ortaya konmuştur. Bölgeye ait mikrobiyota yapısı Pectobacterium genusu açısından incelendiğinde, P. parmentieri tüm mikrobiyota gruplarında en fazla rastlanan yumuşak çürüklük patojeni olduğu belirlenmiştir. Bu çalışma kapsamında, şeker pancarında yumuşak çürüklük patojenlerine karşı koruma sağlayan antagonist bakterilerin sera ve tarla koşullarında, sahip oldukları bakteriostatik ve enzimatik özelliklerinin yanı sıra bitki gelişimini teşvik etme nitelikleri dolayısıyla hem biyopestisit hem biyogübre özelliği taşıyan formülasyonlar geliştirilmesinde önemli aşamaya gelinmiştir. Bitkinin patojene karşı savunma enzimlerinden sorumlu gen bölgelerinin veya patojene karşı dayanıklılık gen/genlerin etkileşim öncesi ve sonrasında ekspresyon seviyelerinin incelenmesinin, patojen-konukçu-antagonist etkileşimlerinde bitkide meydana gelen oksidatif enzimlerin ve reaktif oksijen türevlerinin değişkenliği fizyolojik ve biyokimyasal açıdan belirlenmesinin daha kapsamlı bir şekilde araştırılması önemli görülmüştür.