Yazar "İlban, Ayşegül" seçeneğine göre listele
Listeleniyor 1 - 4 / 4
Sayfa Başına Sonuç
Sıralama seçenekleri
Öğe Bruselloz tanısı konulmuş hastalardan izole edilen Brucella suşlarının PZR yöntemi ile sınıflandırılması(Selçuk Üniversitesi Sağlık Bilimleri Enstitüsü, 2016) İlban, Ayşegül; Özkalp, BirolBu çalışmaya Konya Eğitim Araştırma Hastanesine 2007-2014 tarihleri arasında yüksek ateş, lenfadenopati, halsizlik ve bel ağrısı gibi şikayetler nedeni ile başvuran hastalardan izole edilen 113 adet Brucella spp. suşu dahil edilmiştir. İzolatların kimyasal özelliklerine göre sınıflandırılmasında kullanılan testlerin spesifite ve sensitivite düzeylerinin belirlenmesi amaçlanmıştır. Suşların doğrulamasında üreme özellikleri, koloni morfolojileri, hemoliz, gram boyama sonuçları, pozitif serum ile lam aglütünasyon, katalaz, oksidaz, hareket, indol ve üreaz aktiviteleri değerlendirildi. Brucella spp. olarak değerlendirilen 113 izolatın CO2'li ortamda üreme, üreaz üretimi, H2S üretimi, Tiyonin ve fuksin varlığında üreme, Anti-A ve Anti-M serumları ile aglütünasyon testleri türlerin belirlenmesinde kullanıldı. Sonuçlar PZR sonuçları ile karşılaştırılarak değerlendirildi. Biyotip düzeyindeki sınıflandırma amacı ile biyokimyasal test sonuçları ve PZR sonuçları ortak olarak değerlendirildi. B. abortus olarak değerlendirilen 19 adet suşdan 3 adet suş biyotip 3; 4 adet suş biyotip 2; diğer 12 suş ise biyotip 1 olarak değerlendirildi. B. melitensis olarak değerlendirilen 94 adet suşdan 12 adet suş biyotip 1 diğer 82 adet suş ise biyotip 3 olarak değerlendirildi. Klasik sınıflandırma yöntemlerinin spesifite ve sensitivite değerleri boya varlığında üreme sensitivite % 100, spesifite % 84.21; CO2'li ortamda üreme sensitivite % 96,809 spesifite % 100; H2S üretimi sensitivite % 100 spesifite % 100; Anti-A ve Anti-M serumları ile aglütünasyon sensitivite %98,936 spesifite % 92.98 olarak değerlendirildi. Bütün çalışmalar ilk izolasyon ürünleri ile yapıldı. Sonuçlar PZR sonuçları ile uyumlu olarak bulundu. Ancak genel değerlendirme için PZR sonuçları ile eş zamanlı değerlendirme yapılması önerildi.Öğe The Enigmatical Manipulators in the Capsule Synthesis of Pasteurella Multocida: Iron Acquisition Proteins(Selçuk Üniversitesi, 2023) Balevi, Aslı; İlban, Ayşegül; Uslu, Ali; Sayın, Zafer; Gök, Ayten; Padron, Beatriz; Toslak, Eda; Erganis, OsmanAmaç: Pasteurella multocida'daki spontan kapsül kaybı veya kapsül değişiklikleri, tekrarlanan laboratuvar geçişlerinden, pozitif veya negatif düzenleyici genlerden veya bilinmeyen bir genden kaynaklanabilir. Bu çalışmada, tipik olmayan ve tipik P. multocida suşlarının fenotipik, genotipik ve biyotipik özelliklerinin karşılaştırılması, kapsül sentezindeki baskın genlerin belirlenmesi amaçlanmıştır. Gereç ve Yöntem: Bu çalışmada kapsül tipi belirlenen 56 suş ve kapsül tipi belirlenemeyen otuz altı suş kullanıldı. İzolatlarda baskın genlerin (serogrup, serotip, toksin, adezin, demir alımı ve koruyucu) varlığına dayalı olarak çoklu doğrusal regresyon analizi kullanıldı. Bulgular: Bu suşların kültür yöntemleri ile koloni morfolojileri değerlendirildiğinde, tipik suşlarda (%87,5) mukoid koloni oluşumu, tipik olmayan suşların aksine (%27,7) yaygın olarak saptanmıştır. Tipik suşlarda en yüksek ptfA, ompA ve tadD gen yüzdeleri sırasıyla %78,57, %75 ve %69,64 idi. Tipik olmayan suşlarda en yüksek ompA, ptfA ve tadD gen oranları sırasıyla %61,1, %52,78 ve %52,78 idi. Çoklu lineer regresyon analizi sonuçlarına göre, hgbA ve hgbB genlerinin birlikteliği tipik olmayan suşlarda kapsül sentezinin artmasına neden olmuştur. Bu suşlarda ompA geninin varlığı, ikinci olarak bir indüksiyondu. Diğer genler, tipik olmayan suşlarda kapsül sentezinde etkili değildi. Öneri: Tipik olmayan P. multocida suşlarının oluşumundaki en önemli etkinin HgbA ve HgbB genlerinin yeterli olmaması ile ilgili olduğu belirlendi. P. multocida'nın demir kısıtlamalı koşullar altında yoğun bir şekilde kapsüllenmemiş olabileceği düşünüldü. Sonuç olarak, P. multocida, demir alma proteinlerine bağlı olarak kapsülünü değiştirebilir veya kapsülünü kaybedebilirÖğe Hastene Kaynaklı Klebsiella pneumoniae’ya Yönelik İnaktif ve Rekombinant Aşı Denemeleri(Selçuk Üniversitesi Sağlık Bilimleri Enstitüsü, 2022) İlban, Ayşegül; Sakmanoğlu, AslıHastane kaynaklı enfeksiyonlarda sıklıkla etken olarak izole edilen K. pneumoniae günümüzde toplumsal kökenli enfeksiyonlarda da karşımıza çıkmaktadır. Özellikle çoklu ilaca dirençli suşlarla oluşan enfeksiyonlarda tedavide yaşanan problemler ölüm oranlarının artmasına neden olmaktadır. Giderek artan direnç düzeyleri tedavide altın standart olarak görülen antibiyotiklerin ne derece yetersiz kaldığını göstermektedir. Tedavideki sıkıntılara bağlı artan ölüm oranları immünoterapi ve aşı gibi koruyucu protokolleri ön plana çıkarmaktadır. Bu çalışmada 2019 yılında Konya Numune Hastanesi Yoğun Bakım Ünitesinde tedavi gören hastalardan izole edilen K. pneumoniae izolatlarının fenotipik ve gonotipik özelliklerinin araştırılması, artan antibiyotik direnç düzeylerinin belirlenmesi, yaygın kapsüller tipin belirlenmesi, hipervirulant izolatların tespiti, rekombinant rmpA proteininin elde edilmesi, uygun aşı formülasyonlarının hazırlanarak etkinliklerinin seropotens ve çelınç fare gruplarında değerlendirilmesi amaçlanmıştır. Bu çalışmada, Konya Numune Hastanesi yoğun bakım ünitelerinde 2019 yılında tedavi gören hastalardan izole edilen K. pneumoniae izolatları kullanıldı. Bütün izolatların antibiyotik dirençlilikleri EUCAST sisteminin önerdiği kriterlere uygun olarak yapıldı. İzolatların karbapenamaz ve β-laktamaz enzim aktiviteleri klasik (MBL, MHT ve çift disk sinerjisma) ve moleküler tekniklerle değerlendirildi. İzolatların virulans, kapsüller ve direnç ile ilişkili gen bölgeleri PZR ile gösterildi. Biyofilm oluşturma yetenekleri kalitatif ve kantitatif olarak ölçüldü. İzotatların akrabalıkları RAPD PZR ile gösterildi. Hipervirulant izolatlar string test, koloni morfolojisi ve rmpA gen varlığının PZR ile gösterilmesi ile tespit edildi. Klasik ve moleküler işlemler sonucunda en uygun aşı suşları belirlendi. Rekombinant olarak rmpA proteinini elde etmek için PZR ile amplifiye edilen gen pET SUMO ekspresyon vektöre klonlanarak E. coli BL21(DE3)’e transforme edildi. İşlemin doğrulanması için string test, koloni morfolojisi, sekans analizi ve PZR teknikleri kullanıldı. Rekombinanat olarak üretilen proteinin değerlendirilmesinde SDS-PAGE ve Western Blot testleri kullanıldı. Hazırlanan antijenler MontanideTM IMS 3012 VG, Complete Freund’s Adjuvant ve Aluminyum Hidroksit Jel (Al(OH)3) ile kombine edildi ve yedi farklı aday aşı elde edildi. Sonuçlar hali hazırda K. pneumoniae için ticari bir aşı bulunmaması nedeni ile Al(OH)3 ile hazırlanan inaktif aşı formülasyonu, negatif kontrol ve hiperimmunizasyon ile elde edilen pozitif kontrol gruplarına ait sonuçlar ile karşılaştırıldı. Hazırlanan aşıların etkinliklerinin karşılaştırmasında çelınç ve ELISA teknikleri kullanıldı. Antibiyotik sınıflandırmalarına göre kaynaklar değerlendirildiğinde bronş ve yara kaynaklı izolatların ExDR ve PDR oranlarının diğer izolatlara göre daha yüksek olduğu belirlendi. Bu direncin oluşmasında GSBL, MHT ve MBL enzim aktivitelerinin (p<0,001) önemli rol oynadığı görüldü. Enzim aktiviteleri ile ilişkili gen bölgeleri değerlendirildiğinde, CTXM, OXA, IMP, NDM ve KPC varlığında (p=0,01) direncin pozitif yönde arttığı, kapsüller tiplendirmelerde ise K1, K54 ve K57’nin direnç düzeylerinin (p<0.001) daha yüksek olduğu ve virulans gen bölgelerinden entB dışında diğer genlerin tamamında (p<0,001) direncin arttığı görüldü. Bütün izolatlar arasında GSBL pozitifliği % 44,44 olarak belirlendi. GSBL üreten izolatlarda ki aminoglikozid direnç düzeyine bakıldığında amikasinde % 50, gentamisinde % 56,33 direnç oluştuğu gözlemlendi. Kolistin direnç tespitinde EUCAST’ta göre altın standart kabul edilen MIC yöntemine göre diğer sonuçlar karşılaştırıldığında VITEC II sonuçlarının (p=0,11) tutarlı olmadığı; agar dilisyon yönteminin ise (p<0,001) kullanılabilir bir yöntem olduğu belirlendi. Numunelerdeki Metallo β-Laktamaz enzim varlığının gösterilmesi her üç karbapenem grubu antibiyotiklerdeki direnci göstermek için (p<0,001) güvenilir ve ucuz bir xviii yöntem olarak belirlendi. Strig test sonuçları rmpA PZR sonuçları ile karşılaştırıldığında her iki yöntem arasındaki ilişkinin (p<0,001) anlamlı olduğu görüldü. Fenotipik ve genotipik uyuma göre blaKPC, blaOXA, blaNDM, blaVIM, blaIMP genleri değerlendirildiğinde; karbapenem grubu antibiyotikler arasında değişen düzeylerde ilişki olduğu, en anlamlı gen bölgelerinin blaOXA ve blaIMP (p<0,001) olduğu bu nedenle karbapenamazların üretilmesinde bu bölgelerin sorumlu olabileceği sonucuna varıldı. Aminoglikozit ile ilişkili gen bölgeleri VITEK II ve disk difüzyon sonuçları ile karşılaştırıldı. Her iki antibiyotik için de VİTEC II sonuçlarının tutarlı olmadığı (p=0,35) ancak disk difüzyon sunuçlarının uyumlu olduğu (p=0,02) görüldü. Genotiplendirme sonuçlarında Grup-B’de yer alan üç izolatında β-laktamaz ve karbapenamaz üretmeyen, kolistin direnci göstermeyen ve biyofilm oluşturmayan idrar kaynaklı numuneler olduğu, Grup-A’nın ise 7 farklı daldan meydana geldiği A-I grubunda idrardan (% 72), A-II grubunda yaradan (% 64,3) izole idilenlerin yer aldığı; bronş numunelerinin ise (% 46) A-I ve (% 42,4) A-II gruplarında eşit dağılım gösterdikleri görüldü. Aşı suşları seçilirken çalışmaya dahil edilen izolatların % 94,44’ünde yaygın olarak tespit edilen K5 tipi ve rekombinant aşı için HvKP izolatlarında HM fenotipin ortaya çıkmasından sorumlu gen bölgesi olan rmpA rekombinant protein üretimi için seçilmiştir. Seropotens grubunda bütün aşı gruplarında negatif kontrol grubu ile (p<0,001) yapılan karşılaştırmalarda sonuçların anlamlı olduğu ve pozitif kontrol gruplarından daha yüksek antikor seviyelerine ulaşıldığı görülmektedir. Rekombinant protein ile hazırlanan aşı gruplarında Odds oranının yüksek olması HvKP enfeksiyonlarında bu iki grubun hayatta kalımı artırdığı yönünde yorumlanmıştır. Bütün bu veriler ışığında K. pneumoniae enfeksiyonlarından korunmada ve/veya oluşan enfeksiyonlardaki dirençli ve HvKP suşlarının yayılımının önlenmesinde aşı uygulamaları ön plana çıkmaktadır. Sonuç olarak; bütün izolatlarda hızla yayılım gösteren antibiyotik direnç seviyeleri ve hızla artan HvKP suşları nedeni ile tedavide yetersiz kalındığı görülmektedir. Bu çalışmada üç farklı adjuvan ile oluşturulan yedi farklı aşı grubunda oluşan antikor seviyeleri negatif kontrol grubu ile kıyaslandığında ve çelınç sonuçları ile değerlendirildiğinde bütün aşı gruplarının ölüm oranlarını azalttığı oluşan antikor seviyelerinin hayatta kalımı arttırdığı görülmektedir.Öğe Prevalence of Chlamydophila psittaci infection in pigeons and paraquets by a real time polymerase chain reaction(Selçuk Üniversitesi, 2022) Tuzcu, Nevin; Hadımlı, Hasan Hüseyin; İlban, AyşegülAim: Avian chlamydiosis is a systemic, zoonotic, sometimes fatal disease caused by Chlamydophila psittaci in domestic and wild poultry. Although C. psittaci does not always cause serious disease in poultry, it can cause serious disease especially in immunosuppressive humans. The aim of this study was to determine the prevalence of C. psittaci, in stool samples of pigeons and paraquets, in Konya province. Materials and Methods: Fifty pigeon feces samples taken from a total of 600 pigeons belonging to 24 different breeders and 52 fecal samples taken from 632 paraquets from 30 different breeders were the samples in this study. The presence of C. psittaci was investigated by Real Time PCR based on the presence of ompA gene in these samples. Results: The presence of C.psittaci ompA gene was determined as 2% and 1%, respectively, by real time PCR in stool samples of pigeons and paraquet in Konya region. Conclusion: The fact that the disease is zoonotic and people's close contact with poultry, especially pigeons and caged birds is increased the importance of the disease in terms of public healthday day by day.