Yazar "Şen, Burhan" seçeneğine göre listele
Listeleniyor 1 - 6 / 6
Sayfa Başına Sonuç
Sıralama seçenekleri
Öğe Bazı fungal türlerin standart ve içeriği değiştirilmiş besiyerlerindeki mikroskobik ve makroskobik yapılarının incelenmesi(Selçuk Üniversitesi, Mantarcılık Uygulama ve Araştırma Merkezi Müdürlüğü, 2011) Bahadır, Nurcan; Asan, Ahmet; Şen, BurhanBu çalışmada 6 mikrofungus türü (Penicillium janthinellum, Penicillium chrysogenum, Penicillium aurantiogriseum, Aspergillus niger, Aspergillus wentii, Aspergillus terreus) kullanılmış, standart 4 besiyeri (CYA, RB, MEA ve PDA) ortamına ve bunların içeriği değiştirilmiş şekillerine uygun yöntemle ekimleri yapılarak, kültürlerdeki içerik değişikliğinin türlerin makroskobik ya da mikroskobik yapılarında fark oluşturup oluşturmadığı incelenmiştir. Bu amaçla kullanılan 6 mikrofungus türünün, 20 mL besiyeri içeren petri plaklarına, 106 CFU/ mL spor solüsyonundan steril pipet yardımıyla 1 damla olacak şekilde ekimleri yapılmış, 25 °C ve 37 °C’ de 7 gün inkübasyona bırakılmıştır. 7 günlük inkübasyon sonunda oluşan kolonilerin çapları ölçülerek, makroskobik ve mikroskobik görünümlerinin fotoğrafları çekilmiştir. Çalışmamızda, standart Czapek Yeast Autolysate Agar (CYA) ve standart Rose Bengal Streptomycin Agar (RB) besiyerinde 37 °C’ de üremesi gözlenmeyen A. wentii türünün, 37 °C’ de içeriği değiştirilmiş CYA – 3, CYA – 4, CYA – 5 ve RB – 2 besiyerlerinde gelişimi gözlenmiştir. A. wentii’ nin mikroskobik görünümünde özellikle RB – 2 besiyerinde anormal yapılı fiyalid ve CYA – 5 besiyerinde ise çatal şeklinde vesikül yapısı gözlenmiştir. Yine aynı şekilde P. chrysogenum’ un standart RB’ de 37 °C’ de gelişimi görülmezken, RB – 2 ve RB – 3 besiyerinde gelişimi görülmüştür. CYA – 4 besiyerinin çalıştığımız tüm türler incelendiğinde sporulasyon üzerinde negatif etkisi gözlenmiştir. RB – 1 besiyerinin gelişim ve özellikle de sporulasyon üzerinde son derece olumlu etkisi olduğu görülmüştür. Ayrıca bu besiyeri ortamının 6 mikrofungus türünde de gelişimi pozitif yönde etkilediği görülmüştür. Kullanılan tüm türler ele alındığında MEA – 1 ve RB – 1 besiyerlerinin gelişim ve sporulasyon açısından en uygun, CYA – 4 besiyerinin sporulasyon açısından en elverişsiz kültür ortamları olmasının yanısıra, RB – 2 ve RB-3 besiyeri de türlerin gelişimi aynı olumsuz etkiye sahip olduğu görülmüştür. Dolayısıyla çalışmanın sonunda modifiye edilmiş besiyerleri ile türlerin özellikle makroskobik yapılarında farklılık tespit edilmiştir.Öğe Biodiversity of Heat Resistance Soil Microfungi in Agricultural Areas of Eskisehir Province(Selçuk Üniversitesi, 2019) Ayva, Fatma; Ouzeır, Goulsoum; Demirel, Rasime; Şen, Burhan; Asan, Ahmet; Kadaifçiler, DuyguIsıya dayanıklı mikro mantarlar 75°C'de 30 dakika ısıya dayanabilir ve oda koşullarında depolama sırasında ürünlerde gelişmeye ve bunlarda bozulmaya devam edebilir. Bu ısı direncindeki en önemli rol, askospor adı verilen eşeyli üreme yapıları oluşturma yeteneğine dayanmaktadır ve askosporların ısı direnci; türlere, strainlere, pH, ısıtma ortamı ve diğer büyüme koşullarına bağlıdır. Byssochlamys fulva (geçerli isim; Paecilomyces fulvus), ilk kaydedilen ısıya dayanıklı mikrofungusdur ve buna ilave olarak B. nivea (geçerli isim; B. lagunculariae), Neosartorya fischeri (geçerli isim; Aspergillus fischeri), Talaromyces macrosporus, T. bacillisporus ve Eupenicillium brefeldianum (geçerli isim; P. dodgei) en yaygın ısıya dayanıklı mikrofunguslardır. Çalışmamızda, Eskişehir ilinin tarım topraklarındaki ısıya dayanıklı mikrofungusların biyoçeşitliliği araştırıldı. Bu amaçla, Eylül 2017'de Eskişehir ilinin doğu, batı, kuzey ve güney bölgelerindeki nadas alanlarından dört farklı toprak örneği toplanmıştır. Toprak örneklerinden ısıl işlemi ve toprak seyreltme yöntemi kullanılarak izolasyon işlemi yapılmıştır. Saflaştırma aşamasından sonra, geleneksel yöntemler ve çoklu lokus gen dizilimi kullanılarak izolatlar teşhis edilmiştir. Aspergillus, Byssochlamys, Penicillium ve Talaromyces cinslerine ait 49 izolat ve ısıya dirençli mikrofunguslara ait toplam 3.22x103 cfu/g koloni tespit edilmiştir. Sonuç olarak, tarımsal toprakların, mikotoksijenik, patojenik ve saprofitik olarak bilinen yüksek ısıya dirençli mikrofungal biyolojik çeşitliliğe sahip olduğunu belirlenmiştir.Öğe Edirne ili Söğütlük Ormanı toprağından izole edilen Aspergillus türlerinin biyoçeşitliliği(Selçuk Üniversitesi, Mantarcılık Uygulama ve Araştırma Merkezi Müdürlüğü, 2018) Ayan, Eda Gizem; Asan, Ahmet; Şen, Burhan; Ökten, SuzanÇalışmamızda, Edirne ili orman topraklarından izole edilen Aspergillus türlerinin morfolojik-koloniyal ve moleküler yöntemlerle teşhis edilmesi amaçlanmıştır. Bu amaçla, Edirne Söğütlük Ormanından, 2016 yılı Mart ayında Brown’un metodu kullanılarak toprak örnekleri alınmıştır. Topraktan fungus izolasyonu için “Toprağı Sulandırma Metodu” kullanılmıştır. Morfolojik çalışmalar için CZ, CYA, CY20S, MEA besiyerlerine yapılan ekimlerden sonra, mikroskobik ve makroskobik karakterler incelenmiştir. Moleküler çalışmalar için ise sırasıyla DNA izolasyonu, calmodulin gen bölgesini hedefleyen PCR işlemleri, PCR ürününün saflaştırılması, dizi analizi ve filogenetik analiz aşamaları uygulanmıştır. Çalışmalar sonucunda 7 adet Aspergillus türü tespit edilmiştir. Bu türler, Aspergillus affinis (Türkiye için yeni kayıt), Aspergillus awamori, Aspergillus carbonarius, Aspergillus dimorphicus, Aspergillus europaeus (Türkiye için yeni kayıt), Aspergillus spelaeus (Türkiye için yeni kayıt) ve Aspergillus fischeri’dir.Öğe Evlerde kullanılan buzdolaplarının iç ortamında havayla taşınan fungusların biyoçeşitliliği(Selçuk Üniversitesi, Mantarcılık Uygulama ve Araştırma Merkezi Müdürlüğü, 2017) Ozdil, Soner; Asan, Ahmet; Şen, Burhan; Okten, SuzanBu çalışmada, 4 farklı evde kullanılan buzdolaplarının iç ortam havasında bulunan mikrofungusların morfolojik ve moleküler identifikasyonu yapılarak, buzdolabı hava ortamındaki mikrofungal çeşitliliğin tesbiti amaçlanmıştır. Araştırma materyali Ekim, Kasım ve Aralık 2012 aylarının ilk ve son haftasında 4 farklı istasyondan (her ay ikişer kez olmak üzere) toplam 24 kez örnekleme yapılarak elde edilmiştir. Hava örnekleme cihazı (Millipore) ile, bir örneklemede 100 L hava aspire edilerek alınmıştır. Örnekleme işleminde Dichloran Glycerol Agar (DG 18) besiyerleri kullanılmıştır. İzolatlar saf kültür olarak elde edilip yatık Potato Dextrose Agar (PDA) besiyerine pasaj alınarak 25°C'de 7 gün inkübe edilmiş ve daha sonra stok kültür olarak 4°C'de saklanmıştır. Elde edilen izolatlar özelliklerine göre PDA, Malt Extract Agar (MEA), Czapek Yeast Extract Agar (CYA), Czapek Yeast Extract Agar with 20% Sucrose (CY20S), Glycerol Nitrate Agar (G25N), Czapeks-Dox Agar (CZ), Creatine Sucrose Agar (CREA), Yeast Extract Sucrose Agar (YES) ve DG 18 besiyerlerine ekilerek morfolojik teşhisleri ilgili monograflardan yararlanılarak yapılmıştır. Moleküler teşhiste ise elde edilen fungal amplikonların dizi analizleri Sanger yöntemiyle, ABI prism Big Dye Terminator Cycle Sequencing Ready Reaction Kit kullanılarak, ABI Prism 377 DNA Sequencer'da (Applied Biosystems, ABD) belirlenmiştir ve gen bankasındaki benzer sekanslarla BLAST Analizi yapılarak kıyaslanmıştır. Araştırmanın sonucunda teşhisi yapılan mantarların yüzdelik dağılımları % 34 Penicillium, % 24 Cladosporium, % 17 Alternaria, % 11 Aspergillus türleri ve % 9 diğer türler olarak tespit edilmiştir.Öğe Fungal Biodiversity on Slippers and Carpets Dusts in Three Mosques of Edirne City, Turkey(Selçuk Üniversitesi, Mantarcılık Uygulama ve Araştırma Merkezi Müdürlüğü, 2020) Tikveşli, Melek; Asan, Ahmet; Gürcan, Saban; Şen, BurhanThis study was conducted for the purpose of identifying the microfungi types and numbers in carpets, carpet dusts and slippers in three mosques in the Edirne City and surveying of microfungi during perform an ablution. It was isolated 78.937 CFU/g microfungi in total during 12 months from the samples taken between the dates of October 2008 and September 2009 from the stations. Of the microfungi 83 CFU/g were dermatophyte. It was identified only one dermatophyte in the slippers. It was identified 24 fungal species in carpet samples. The genus Penicilium was on the first rank with 18.553 CFU/g and 49.03 % in carpets, followed by Trichoderma with 13.666 CFU/g and 25 %, and followed Cladosporium ranked three with 96.666 CFU/g and 12.34 %. It was found the dermatophyte Trichophyton rubrum in the mosques only for once (July 2009). Statistical analysis for identifying whether the fungal types and the total microfungi concentrations are related with various meteorological factors. The highest value in indoor carpets was isolated as 6.084 CFU/g on the October. As a result, it was identified that the carpet dust fungus concentrations in three mosques are within the range of healthy limit values.Öğe Saf kültür olarak stoklanmış bazı mikrofungusların ITS, beta-tubulin ve aktin gen dizilerine göre moleküler tanısı(Selçuk Üniversitesi, Mantarcılık Uygulama ve Araştırma Merkezi Müdürlüğü, 2018-04) Tuney, Elçin; Asan, Ahmet; Şen, BurhanBu çalışmada, Trakya Üniversitesi Fen Fakültesi Biyoloji Bölümü Mikrobiyoloji laboratuvarında saf kültür olarak stoklanmış bununla beraber; cins veya tür düzeyinde morfolojik olarak teşhis edilemeyen bazı mikrofunguslar moleküler olarak tanımlanmıştır. Çalışmada kullanılan mikrofunguslar daha önce tür düzeyinde morfolojik olarak tanımlanamamış izolatlardan oluşmuştur. Örnekler, MEA besiyerine ekilip 25ºC’de 7 gün inkübe edilmiştir. Besiyerinden alınan örnekler, analiz yapılana kadar -20ºC’de saklanmıştır. DNA izolasyonu için funguslara özel, kimyasal (SDS ve CTAB), biyokimyasal (proteinazK vb.) ve fiziksel (0.1 mm çaplı boncuklar) parçalama yöntemlerini bir arada kullanan DNA izolasyon kitleri kullanılmıştır. Çeşitlilik çalışmaları, PCR tabanlı fungal çeşitlilik çalışma kitleri ile yapılmıştır. Tüm izolatlar için ITS gen dizisi kullanılmış, cinse bağlı olarak ?-tubulin ve Actin gen dizilimlerini hedeflenmiştir. PCR ile çoğaltılan DNA dizilimleri “Sanger Sequencing Yöntemi” ile dizilenmiştir. Elde edilen dizilerin hangi organizmalara ait olduğu NCBI ve EBI gibi uluslararası nükleik asit data bankalarında mevcut dizilimlerle, elde edilen filotiplerin dizilimleri karşılaştırılarak belirlenmiştir. Toplam 61 mikrofungus örneği, cins düzeyinde 3 gruba (A,B,C) ayrılmış olup, gruplara göre ilgili gen bölgeleri moleküler teşhis için analiz edilmiştir. 3 grup için hem ilgili gen bölgeleri hem de ITS bölgeleri baz alınarak yapılan moleküler analizler sonucunda, 6 örneğin tür teşhisi yapılamamış, 56 tür moleküler düzeyde teşhis edilmiştir.
