Konya bölgesindeki Nannospalax nehrigi satunin, 1898 (Mammalia:Rodentia) üst türünün sscp metodu kullanılarak sitokrom B geninin dna dizi analizi varyasyonları
Yükleniyor...
Dosyalar
Tarih
2009
Yazarlar
Dergi Başlığı
Dergi ISSN
Cilt Başlığı
Yayıncı
Selçuk Üniversitesi Fen Bilimleri Enstitüsü
Erişim Hakkı
info:eu-repo/semantics/openAccess
Özet
Bu çalışmada morfolojik olarak ayırt edilemeyen Nannospalax nehringi üsttürüne ait 2n=40, 58 ve 60 kromozomal formların mitokondrial bir gen olan sitokrom b geni ile genetik akrabalığın belirlenmesi amaçlanmıştır. Konya bölgesinde yayılış gösteren bu kromozomal formların sitokrom b geninin dizi varyasyonları SSCP ve dizi analizi metodu kullanılarak tespit edilmiştir. DNA dizi analizi sonuçları ile CLC Main Workbench versiyon 5.1 bilgisayar programı yardımıyla genetik akrabalığı gösteren dendrogram elde edilmiştir. Bu dendrograma göre 2n=40 kromozomal forma ait bireyler ayrı monofiletik bir grupta yer alırken, bundan oldukça farklı bir yerde ise 2n=58 ve 60 kromozomal forma ait örnekler kümelenmişlerdir. On üç farklı lokaliteden toplam 14 kör fare örneğinin sitokrom b geni dizi varyasyonları %18.6 olarak hesaplanmıştır ve bu varyasyonların %26.6'sı transversiyondur. Dizi analizi sonuçlarına göre baz pozisyonundaki en çok farklılık 2n=40 kromozomal form ile 2n=60 kromozomal form arasında görülmüştür (%10.2). Elde edilen sonuçlar 2n=40 kromozomal formun türleşmesini desteklemektedir. SSCP ve dizi analizi yöntemleri kullanılarak Sitokrom b geninin kör farelerin filogenisinde oldukça faydalı olduğu görülmüştür.
The aim of this study was to determine the genetic relationship of the chromosomal forms of 2n=40, 58 and 60 that belong to Superspecies, Nannospalax nehringi, which was not classified morphologically with cytochrome b gene, the mitochondrial gene. Sequence variations of cytochrome b gene of these chromosomal forms distributed in Konya region were found using SSCP and sequence analysis method. With DNA Sequence analysis results, dendrogram which shows genetic relationship was obtained with the help of CLC Main Workbench version 5.1 computer programme. According to this dendrogram, while indivuduals belonging to 2n=40 choromosomal form take place in a separate monophyletic group, samples belonging to 2n=58 and 60 chromosomal forms are clustered in a quite different place. From thirteen different localities, cytochrome b sequence variations of 14 blind mole rat samples were estimated as 18.6%, and 26.6% of these variations are transversions. According to sequence analysis, the biggest difference in base position was observed between 2n= 40 chromosomal form and 2n= 60 chromosomal form (10.2%). The results supported the classification of the two chromosomal forms. By using SSCP and sequence variation, cytochrome b gene was observed to be quite useful in phylogeny of blind mole rats.
The aim of this study was to determine the genetic relationship of the chromosomal forms of 2n=40, 58 and 60 that belong to Superspecies, Nannospalax nehringi, which was not classified morphologically with cytochrome b gene, the mitochondrial gene. Sequence variations of cytochrome b gene of these chromosomal forms distributed in Konya region were found using SSCP and sequence analysis method. With DNA Sequence analysis results, dendrogram which shows genetic relationship was obtained with the help of CLC Main Workbench version 5.1 computer programme. According to this dendrogram, while indivuduals belonging to 2n=40 choromosomal form take place in a separate monophyletic group, samples belonging to 2n=58 and 60 chromosomal forms are clustered in a quite different place. From thirteen different localities, cytochrome b sequence variations of 14 blind mole rat samples were estimated as 18.6%, and 26.6% of these variations are transversions. According to sequence analysis, the biggest difference in base position was observed between 2n= 40 chromosomal form and 2n= 60 chromosomal form (10.2%). The results supported the classification of the two chromosomal forms. By using SSCP and sequence variation, cytochrome b gene was observed to be quite useful in phylogeny of blind mole rats.
Açıklama
Anahtar Kelimeler
Nannospalax nehringi, Sitokram b, Dizi Analizi, Cytochrome b,, Sequence analysis
Kaynak
WoS Q Değeri
Scopus Q Değeri
Cilt
Sayı
Künye
Gülbahçe, E. (2009). Konya bölgesindeki Nannospalax nehrigi satunin, 1898 (Mammalia:Rodentia) üst türünün sscp metodu kullanılarak sitokrom B geninin dna dizi analizi varyasyonları. Selçuk Üniversitesi, Yayımlanmış yüksek lisans tezi, Konya.
