Streptococcus pyogenes suşlarının emm genotiplerinin dağılımı ve antibiyotik duyarlılığı: Geliştirilmekte olan aşı ile karşılaştırma

Basit Öğe Kaydı
dc.contributor.authorArslan, Uğur
dc.contributor.authorOryaşın, Erman
dc.contributor.authorEskin, Zeynep
dc.contributor.authorDağı, Hatice Türk
dc.contributor.authorFındık, Duygu
dc.contributor.authorTuncer, İnci
dc.contributor.authorBozdoğan, Bülent
dc.date.accessioned2020-03-26T18:34:06Z
dc.date.available2020-03-26T18:34:06Z
dc.date.issued2013
dc.departmentSelçuk Üniversitesien_US
dc.description.abstractStreptococcus pyogenes tonsillofarenjitin en yaygın bakteriyel etkeni olup, ayrıca otitis media, impetigo, nekrotizan fasiit, bakteriyemi, sepsis ve toksik şok benzeri sendrom gibi hastalıklara yol açabilmektedir. Bakterinin önemli virülans faktörü olan M proteini, emm geni tarafından kodlanmakta ve bu gen epidemiyolojik çalışmalarda genotiplendirme amacıyla kullanılmaktadır. Bu çalışmada, A grubu streptokok (AGS) suşlarında M proteininin emm gen dizi analiz yöntemiyle tiplendirilmesi, saptanan M tiplerinin geliştirilmekte olan aşı içeriği ile karşılaştırılması ve izolatların antibiyotik duyarlılıklarının belirlenmesi amaçlanmıştır. Çalışmaya, laboratuvarımızda çeşitli klinik örneklerden izole edilen 35 AGS suşu dahil edilmiştir. Kan kültüründe üreyen suşlar invazif, boğaz ve apse kültüründe üreyen suşlar ise noninvazif olarak kabul edilmiştir. İzolatların tür düzeyinde tanımlanması konvansiyonel yöntemler ve 16S rRNA dizi analizi ile gerçekleştirilmiştir. S.pyogenes olarak tanımlanan suşların emm genotiplendirmesi CDCnin önerdiği şekilde PCR yöntemiyle yapılmıştır. Çalışılan 35 izolatın 23ünden amplikon elde edilmiş ve bunlara dizi analizi uygulanmıştır. Elde edilen sonuçlar CDCnin emm dizi veri bankası ile karşılaştırılmıştır. İzolatların antibiyotik duyarlılık testleri agar dilüsyon yöntemiyle CLSI önerilerine göre yapılmış ve değerlendirilmiştir. Çalışmaya alınan 35 izolattan 23ünün emm tiplendirmesi yapılmış ve 15 farklı emm genotipi saptanmıştır. En sık saptanan tipler sırasıyla emm1 (%22), emm89 (%13), emm18 (% 9) ve emm19 (%9) olarak belirlenmiştir. Diğer emm tipleri (emm5, 12, 14, 17, 26, 29, 37, 74, 78, 92, 99) %47 oranında saptanmıştır. Kan kültüründen izole edilen suşların emm1, 12, 19, 74, 89 ve 99 tiplerine sahip olduğu gözlenmiştir. Çalışmamızda belirlenen 15 emm tipinin 9 (%60)unun 26 valanlı aşı içeriğinde yer alan tipler (emm1, 5, 12, 14, 18, 19, 29, 89, 92) olduğu izlenmiştir. Diğer taraftan, S.pyogenes ile enfekte 23 olgudan 17 (%74)sinin aşı içeriğinde bulunan tipler ile enfekte olduğu ve ayrıca kan izolatlarında tespit edilen dört emm tipinin (emm1, 12, 19, 89) de geliştirilen aşının kapsamı içinde yer aldığı görülmüştür. Suşların hiçbirisinde penisilin, ampisilin, eritromisin, linkomisin, gentamisin, kloramfenikol, vankomisin ve linezolid direnci saptanmamış; altı suşta levofloksasin (MİK 4 ve 16 ?g/ml), bir suşta ise tetrasiklin direnci (MİK 16 ?g/ml) tespit edilmiştir. Sonuç olarak bölgesel verilerin sunulduğu bu çalışma, az sayıda invazif olan ve olmayan izolat ile yapılmış olup, aşının etkinliğini ve ülkemizdeki suşların ne kadarını kapsadığını belirlemek için çok merkezli ileri çalışmalara gereksinim vardır.en_US
dc.description.abstractStreptococcus pyogenes is the most common bacterial pathogen causing pharyngotonsillitis, and also can lead to diseases such as otitis media, impetigo, necrotizing fasciitis, bacteremia, sepsis and toxic shock-like syndrome. M protein encoded by emm gene is an important virulence factor of S.pyogenes and it is used for genotyping in epidemiological studies. The aims of this study were to determine the M protein types of group A streptococci (GAS) by using emm gene sequence analysis method, to compare the M types in terms of analogy with the vaccine in development and to determine the antibiotic susceptibilities of the isolates. A total of 35 GAS strains isolated from various clinical specimens in our laboratory were included in the study. Strains growing in blood culture were considered as invasive, strains growing in throat and abscess cultures were considered as non-invasive. The isolates have been identified by conventional methods and 16S rRNA sequence analysis at species level. emm genotyping of strains identified as S.pyogenes, was performed by PCR method as proposed by the CDC. Amplicons were obtained and sequenced in 23 out of 35 isolates. The results were compared with CDC emm sequence database. Antibiotic susceptibility of the isolates was performed by agar dilution method and evaluated as recommended by CLSI. Twenty-three out of 35 isolates could be typed and 15 different emm genotypes were detected. The most common emm types were emm1 (22%), emm89 (13%), emm18 (9%) and emm19 (9%). The detection rate of other emm types (emm5, 12, 14, 17, 26, 29, 37, 74, 78, 92, 99) was 47%. Types emm1, 12, 19, 74, 89 and 99 were observed in strains isolated from blood cultures. It was detected that nine of the 15 (60%) emm types are within the contents of 26 valent vaccine (emm 1, 5, 12, 14, 18, 19, 29, 89, 92). It was also observed that 17 (74%) of the 23 cases were infected by vaccine types and the four emm types (emm1, 12, 19, 89) identified in blood samples were among the vaccine types. All of the strains were found susceptible to penicillin, ampicillin, erythromycin, lincomycin, gentamicin, chloramphenicol, vancomycin and linezolid, however six isolates were resistant to levofloxacin (MIC 4 and 16 μg/ml) and one isolate was resistant to tetracycline (MIC 16 μg/ml). In conclusion, this preliminary local study with limited number of invasive and non-invasive S.pyogenes isolates, emphasized the need for larger scale multi-center studies to determine the analogy and efficacy of the vaccine in development.en_US
dc.identifier.endpage323en_US
dc.identifier.issn0374-9096en_US
dc.identifier.issue2en_US
dc.identifier.startpage318en_US
dc.identifier.urihttp://www.trdizin.gov.tr/publication/paper/detail/TVRRNE1qRTBOQT09
dc.identifier.urihttps://hdl.handle.net/20.500.12395/29020
dc.identifier.volume47en_US
dc.indekslendigikaynakTR-Dizinen_US
dc.language.isotren_US
dc.relation.ispartofMikrobiyoloji Bültenien_US
dc.relation.publicationcategoryMakale - Ulusal Hakemli Dergi - Kurum Öğretim Elemanıen_US
dc.rightsinfo:eu-repo/semantics/openAccessen_US
dc.selcuk20240510_oaigen_US
dc.subjectMikrobiyolojien_US
dc.titleStreptococcus pyogenes suşlarının emm genotiplerinin dağılımı ve antibiyotik duyarlılığı: Geliştirilmekte olan aşı ile karşılaştırmaen_US
dc.title.alternativeDistribution of emm genotypes and antibiotic susceptibility of streptococcus pyogenes strains: Analogy with the vaccine in developmenten_US
dc.typeArticleen_US

Dosyalar

Koleksiyon

TR-Dizin İndeksli Yayınlar Koleksiyonu