Metagenomic DNA isolation from sheep feces and PCR detection of several rumen bacteria

Basit Öğe Kaydı
dc.contributor.authorYavuz, Arif
dc.contributor.authorÖzgün, Dilek Ekiz
dc.contributor.authorKenger, İlhami
dc.contributor.authorÇömlekcioğlu, Uğur
dc.date.accessioned2022-10-21T10:01:08Z
dc.date.available2022-10-21T10:01:08Z
dc.date.issued2016en_US
dc.departmentSelçuk Üniversitesi, Fen Fakültesi, Biyoloji Bölümüen_US
dc.description.abstractAim: The aim of this study was to isolate metagenomic DNA from fresh and dry sheep feces and to detect several rumen bacteria using the specific primers. Materials and Methods: The metagenomic DNA isolation was performed by using commercial I-Genomic Stool DNA Isolation Kit. Anaerovibrio lipolytica, Fibrobacter succinogenes, Prevotella bryantii, Prevotella ruminicola, Ruminobacter amylophilus, Ruminococcus albus, Ruminococcus flavefaciens, Streptococcus bovis, Selenomonas ruminantium and Succinovibrio dextrinosolvens were screened using metagenomic DNA with polymerase chain reaction and spesific primers. Reaction of 16S rRNA region with SphI was carried out to confirm the absence of R. amylophilus, R. albus and S. dextrinosolvens. Results: Fecal samples dried rapidly and lost its 53.72% of fresh mass. After the DNA isolations from fresh and dried samples, DNA concentrations and purity were varied between 25.60-59.50 ng/µL and 1.72-1.90, respectively. It was observed that fecal inhibitors had no effect on PCR. A. lipolytica, F. succinogenes, P. bryantii, P. ruminicola, R. flavefaciens, S. bovis and S. ruminantium were detected with specific primers however PCR did not reveal the presence of R. amylophilus, R. albus and S. dextrinosolvens. SphI digestion of 16S rDNA regions has confirmed this result. Conclusion: In this study, effect of drying in natural conditions on metagenomic DNA isolation from fecal samples was determined. Furthermore, PCR detection of several rumen bacteria was performed by using isolated DNA. In conclusion, it may be stated that the metagenomic DNA isolated from dried fecal samples could be an effective tool for the detection of bacterial populations.en_US
dc.description.abstractAmaç: Bu çalışmanın amacı taze ve kuru koyun dışkısından metagenomik DNA'nın izolasyonunu yapmak ve spesifik primerler kullanarak çeşitli rumen bakterilerini tespit etmektir. Gereç ve Yöntem: Metagenomik DNA izolasyonu ticari I-Genomic Dışkı DNA izolasyon kiti kullanılarak gerçekleştirildi. Anaerovibrio lipolytica, Fibrobacter succinogenes, Prevotella bryantii, Prevotella ruminicola, Ruminobacter amylophilus, Ruminococcus albus, Ruminococcus flavefaciens, Streptococcus bovis, Selenomonas ruminantium ve Succinovibrio dextrinosolvens spesifik primerler ile metagenomik DNA kullanılarak polimeraz zincir reaksiyonu yardımıyla tarandı. R. amylophilus, R. albus ve S. dextrinosolvens yokluğunu doğrulamak için 16S rRNA bölgesinin SphI ile reaksiyonu gerçekleştirildi. Bulgular: Dışkı örnekleri hızlıca kurutuldu ve yaş ağırlığının %53.72'si kaybettirildi. Taze ve kuru örneklerdeki DNA izolasyonlarından sonra DNA konsantrasyonları ve saflığı sırasıyla 25.60-59.50 ng/µL ve 1.72-1.90 arasında değiştiği belirlendi. Dışkıdaki inhibitörlerin PZR üzerinde etkisinin olmadığı görüldü. A. lipolytica, F. succinogenes, P. bryantii, P. ruminicola, R. flavefaciens, S. bovis ve S. ruminantium spesifik primerler ile tespit edildi, fakat PCR ile R. amylophilus, R. albus ve S. dextrinosolvens varlığına rastlanılmadı. 16S rRNA bölgesinin SphI ile kesimi bu sonucu doğruladı. Öneriler: Bu çalışma, doğal şartlarda kurumanın dışkı örneklerinden metagenomik DNA izolasyonu üzerine etkilerini tanımlamıştır. Ayrıca, izole edilen DNA kullanılarak çeşitli rumen bakterilerinin tespiti gerçekleştirilmiştir. Sonuç olarak kurumuş dışkıdan izole edilen metagenomik DNA'nın bakteri populasyonlarının belirlenmesinde kullanılabileceği ifade edilebilir.en_US
dc.identifier.citationYavuz, A., Özgün, D. E., Kenger, İ., Çömlekcioğlu, U. (2016). Koyun dışkısından metagenomik DNA izolasyonu ve bazı rumen bakterilerinin varlığının PZR ile tespit edilmesi. Eurasian Journal of Veterinary Sciences, 32 (1), 15-21. DOI:10.15312/EurasianJVetSci.2016115444en_US
dc.identifier.doi10.15312/EurasianJVetSci.2016115444en_US
dc.identifier.endpage21en_US
dc.identifier.issn1309-6958/2146-1953en_US
dc.identifier.issue1en_US
dc.identifier.startpage15en_US
dc.identifier.urihttps://hdl.handle.net/20.500.12395/43272
dc.identifier.volume32en_US
dc.language.isoenen_US
dc.publisherSelçuk Üniversitesi Veterinerlik Fakültesien_US
dc.relation.ispartofEurasian Journal of Veterinary Sciencesen_US
dc.relation.publicationcategoryMakale - Ulusal Hakemli Dergi - Kurum Öğretim Elemanıen_US
dc.rightsinfo:eu-repo/semantics/openAccessen_US
dc.selcuk20240510_oaigen_US
dc.subjectRuminanten_US
dc.subjectrumen bacteriaen_US
dc.subjectmetagenomic DNAen_US
dc.subjectPCRen_US
dc.subjectrumen bakterisien_US
dc.subjectmetagenomik DNAen_US
dc.subjectPZRen_US
dc.titleMetagenomic DNA isolation from sheep feces and PCR detection of several rumen bacteriaen_US
dc.title.alternativeKoyun dışkısından metagenomik DNA izolasyonu ve bazı rumen bakterilerinin varlığının PZR ile tespit edilmesien_US
dc.typeArticleen_US

Dosyalar

Orijinal paket
Listeleniyor 1 - 1 / 1
Küçük Resim
İsim:
pdf3.pdf
Boyut:
1.87 MB
Biçim:
Adobe Portable Document Format
Açıklama:
Makale Dosyası
İndir
Lisans paketi
Listeleniyor 1 - 1 / 1
Küçük Resim Yok
İsim:
license.txt
Boyut:
1.44 KB
Biçim:
Item-specific license agreed upon to submission
Açıklama:
İndir

Koleksiyon

Dergi Yayın Koleksiyonu