Türkiye'de yayılış gösteren Salvia L. cinsinin bazı türlerinin iPBS-retrotranspozon DNA markörleri ile genetik çeşitliliğin belirlenmesi
Yükleniyor...
Dosyalar
Tarih
2025
Yazarlar
Dergi Başlığı
Dergi ISSN
Cilt Başlığı
Yayıncı
Selçuk Üniversitesi, Fen Bilimleri Enstitüsü
Erişim Hakkı
info:eu-repo/semantics/openAccess
Özet
Bu tez çalışması, Türkiye'de yayılış gösteren Salvia cinsine ait 25 türdeki toplam 96 genotipin genetik çeşitliliğini iPBS-retrotranspozon DNA markörleri kullanarak belirlemeyi amaçlamaktadır. Araştırmada, iPBS işaretçileri ile genotiplerin genetik yapıları incelenmiş ve türler arasındaki genetik farklılıklar analiz edilmiştir. Çalışma kapsamında kullanılan 83 iPBS primerinden 16'sı analizlere uygun bulunmuş ve bu primerler toplam 255 bant üretmiştir. Primer başına gözlemlenen allel sayısı 21 ile 63 arasında değişirken, ortalama polimorfizm bilgi içeriği (PIC) değeri 0.414 olarak hesaplanmıştır. Genetik çeşitlilik analizi sonucunda ortalama etkin allel sayısı (ne) 1.666, genetik çeşitlilik indeksi (h) 0.397 ve Shannon bilgi indeksi (I) 0.585 olarak bulunmuştur. Elde edilen veriler NTSYSpc (Dice benzerlik matrisi), POPGEN1.32 ve STRUCTURE yazılımları kullanılarak detaylı şekilde analiz edilmiştir. Kümeleme analizi ve temel bileşen analizi (PCoA), genotipleri genetik benzerliklerine göre gruplandırmıştır. Genetik yapı analizi, genotiplerin popülasyon düzeyinde üç farklı alt gruba ayrıldığını göstermiştir. Sonuçlar, iPBS-retrotranspozon markörlerinin, Salvia türlerinin genetik çeşitliliğini aydınlatmada etkili bir yöntem olduğunu göstermektedir. Çalışma, Salvia cinsine yönelik genetik, filogenetik ve koruma odaklı çalışmalara değerli bilgiler sunmakta ve bu alandaki araştırmalar için bir temel oluşturmaktadır
This thesis study aims to determine the genetic diversity of 96 genotypes belonging to 25 species of the Salvia genus distributed in Turkey using iPBS-retrotransposon DNA markers. The genetic structures of the genotypes were examined using iPBS markers, and genetic differences between the species were analyzed. Among the 83 iPBS primers used in the study, 16 were deemed suitable for analysis, producing a total of 255 bands. The observed allele number per primer ranged from 21 to 63, with an average polymorphism information content (PIC) value of 0.414. The genetic diversity analysis revealed an average effective allele number (ne) of 1.666, a genetic diversity index (h) of 0.397, and a Shannon information index (I) of 0.585. The data were thoroughly analyzed using NTSYSpc (Dice similarity matrix), POPGEN1.32, and STRUCTURE software. Cluster analysis and principal coordinate analysis (PCoA) grouped the genotypes based on their genetic similarities. Genetic structure analysis demonstrated that the genotypes were divided into three distinct subgroups at the population level. The results indicate that iPBS-retrotransposon markers are an effective method for elucidating the genetic diversity of Salvia species. This study provides valuable insights into genetic, phylogenetic, and conservation-oriented studies on the Salvia genus, establishing foundation for future research in this field.
This thesis study aims to determine the genetic diversity of 96 genotypes belonging to 25 species of the Salvia genus distributed in Turkey using iPBS-retrotransposon DNA markers. The genetic structures of the genotypes were examined using iPBS markers, and genetic differences between the species were analyzed. Among the 83 iPBS primers used in the study, 16 were deemed suitable for analysis, producing a total of 255 bands. The observed allele number per primer ranged from 21 to 63, with an average polymorphism information content (PIC) value of 0.414. The genetic diversity analysis revealed an average effective allele number (ne) of 1.666, a genetic diversity index (h) of 0.397, and a Shannon information index (I) of 0.585. The data were thoroughly analyzed using NTSYSpc (Dice similarity matrix), POPGEN1.32, and STRUCTURE software. Cluster analysis and principal coordinate analysis (PCoA) grouped the genotypes based on their genetic similarities. Genetic structure analysis demonstrated that the genotypes were divided into three distinct subgroups at the population level. The results indicate that iPBS-retrotransposon markers are an effective method for elucidating the genetic diversity of Salvia species. This study provides valuable insights into genetic, phylogenetic, and conservation-oriented studies on the Salvia genus, establishing foundation for future research in this field.
Açıklama
Anahtar Kelimeler
Genetik Çeşitlilik, iPBS, PCR, Salvia, Genetic Diversity
Kaynak
WoS Q Değeri
Scopus Q Değeri
Cilt
Sayı
Künye
Çiftci, E. N. (2025). Türkiye'de yayılış gösteren Salvia L. cinsinin bazı türlerinin iPBS-retrotranspozon DNA markörleri ile genetik çeşitliliğin belirlenmesi. (Yüksek Lisans Tezi). Selçuk Üniversitesi, Fen Bilimleri Enstitüsü, Konya.
