Anadolu Mandalarının PPARGC1A geninin 8. eksonundaki polimorfizmlerin belirlenmesi
Yükleniyor...
Dosyalar
Tarih
2018
Yazarlar
Dergi Başlığı
Dergi ISSN
Cilt Başlığı
Yayıncı
Selçuk Üniversitesi Veterinerlik Fakültesi
Erişim Hakkı
info:eu-repo/semantics/openAccess
Özet
Amaç: PPARGC1A geni glikoz-yağ metabolizması ve enerji dengesinde önemli bir role sahiptir. Ayrıca, çiftlik hayvanlarında süt kalitesi ve süt veriminde aday gen olarak kullanabilmektedir. Bu amaçla, Anadolu Mandalarında PPARGC1A geninin 8. eksonundaki polimorfizmler araştırılmıştır. Gereç ve Yöntem: Araştırmada, Afyonkarahisar ilinde yetiştirilen ve “Anadolu Mandalarının Halk Elinde Islahı” projesi kapsamındaki 183 baş dişi malak incelenmiştir. PPARGC1A gen bölgesinin 8. eksonu ile 9. intronu arasındaki 739 bp büyüklüğündeki bölüm ABI 3500 DNA dizileme cihazı ile araştırılmıştır. İstatistik analizlerde GENETIX paket programı kullanılmıştır. Bulgular: PPARGC1A gen bölgesinin 8. eksonu ile 9. intronu arasındaki 739 bp büyüklüğündeki bölüm çoğaltılmış ve 8. eksonuna ait olan 526 bp lik kısmı değerlendirilmeye alınmıştır. Araştırmada, PPARGC1A geninin 8. eksonunda c.1598 A>T polimorfizmi gözlenmiştir. Yapılan Khi-kare (?2) analiz sonucunda popülasyonun HardyWeinberg dengesinde olmadığı, gözlenen ve beklenen değerler arasındaki fark istatistiki açıdan önemli bulunmuştur (P<0,001). A ve T allelinin frekansı sırasıyla 0,768 ve 0,232 tahmin edilmiştir. İncelenen popülasyonda heterozigotluk %24,59 olarak hesaplanmıştır. Öneri: Sonuç olarak, PPARGC1A geninin 8. eksonundaki c.1598 A>T polimorfizmi amino asit dizilimini etkilemektedir. Dolayısıyla, GAC kodonu Aspartik asiti (Asp), GTC kodonu ise Valin (Val) amino asidini kodladığı için proteinin yapısı ve fonksiyonunun değişebileceği düşünülmektedir. Bu nedenle, c.1598 A>T ve gendeki diğer SNP’lerin büyüme, laktasyonun başlaması ve sürdürülmesi, süt verimi, sütün kalitesi ve sütteki yağ miktarı üzerine etkisinin araştırılarak, sonuçların Anadolu Mandası ıslah çalışmalarında kullanılabileceği düşünülmektedir.
Aim: PPARGC1A gene has an important role in glucose-lipid metabolism and energy balance. Also, PPARGC1A gene can be used as a candidate gene at milk quality and production at livestock animal. Therefore, this research has been conducted to determine the polymorphisms on 8. exon of PPARGC1A in Anatolian water buffaloes. Materials and Methods: The total of 183 blood samples taken from Anatolian water buffaloes bred in Afyonkarahisar city and the Anatolian Water Buffaloes in the frame of reclamation project by Animal Breeders were used as a research material in this study. ABI 3500 genetic analyzer was used to investigate the region of 739 bp that from 8. exon to 9. intron of PPARGC1A gene. GENETIX computer program was used for statistics analyses. Results: In this study, an SNP located at the c.1599A>T on the 8. exon of PPARGC1A gene was found. The population showed disagreement with expected Hardy-Weinberg balance by Chi-square (?2) analyses (P<0.001). Frequencies of A and T alleles were estimated 0.768 and 0.232, respectively. Heterozigosities were calculated 24.59% in Anatolian water buffaloes population. Conclusion: As a result, c.1598 A> T polymorphism in exon 8 of PPARGC1A gene can affect the amino acid sequence. Thus, the structure and function of the protein would change the GAC codon encodes Aspartic acid (Asp) and the GTC codon encodes Valin (Val) amino acid. Therefore, determining the effects of c.1598 A>T and other SNPs in PPARGC1A gene on growth could have an effect on the initiation and maintenance of lactation, milk yield, quality of milk and milk fat in Anatolian Water Buffaloes.
Aim: PPARGC1A gene has an important role in glucose-lipid metabolism and energy balance. Also, PPARGC1A gene can be used as a candidate gene at milk quality and production at livestock animal. Therefore, this research has been conducted to determine the polymorphisms on 8. exon of PPARGC1A in Anatolian water buffaloes. Materials and Methods: The total of 183 blood samples taken from Anatolian water buffaloes bred in Afyonkarahisar city and the Anatolian Water Buffaloes in the frame of reclamation project by Animal Breeders were used as a research material in this study. ABI 3500 genetic analyzer was used to investigate the region of 739 bp that from 8. exon to 9. intron of PPARGC1A gene. GENETIX computer program was used for statistics analyses. Results: In this study, an SNP located at the c.1599A>T on the 8. exon of PPARGC1A gene was found. The population showed disagreement with expected Hardy-Weinberg balance by Chi-square (?2) analyses (P<0.001). Frequencies of A and T alleles were estimated 0.768 and 0.232, respectively. Heterozigosities were calculated 24.59% in Anatolian water buffaloes population. Conclusion: As a result, c.1598 A> T polymorphism in exon 8 of PPARGC1A gene can affect the amino acid sequence. Thus, the structure and function of the protein would change the GAC codon encodes Aspartic acid (Asp) and the GTC codon encodes Valin (Val) amino acid. Therefore, determining the effects of c.1598 A>T and other SNPs in PPARGC1A gene on growth could have an effect on the initiation and maintenance of lactation, milk yield, quality of milk and milk fat in Anatolian Water Buffaloes.
Açıklama
Anahtar Kelimeler
Anadolu Mandası, PPARGC1A, Polimorfizm, SNP, Anatolian Water Buffalo, Polymorphism
Kaynak
Eurasian Journal of Veterinary Sciences
WoS Q Değeri
Scopus Q Değeri
Cilt
34
Sayı
1
Künye
ALYÖRÜK, Y., ERDOĞAN, M., (2018).Anadolu Mandalarının PPARGC1A geninin 8. eksonundaki
polimorfizmlerin belirlenmesi. Eurasian Journal of Veterinary Sciences, 34 (1), 13-18
DOI:10.15312/EurasianJVetSci.2018.174
