Kan kültürlerinden izole edilen vankomisine dirençli enterococcus faecium suşlarının MLST tipleri

Basit Öğe Kaydı
dc.contributor.authorArslan, Uğur
dc.contributor.authorDemir, Esra
dc.contributor.authorOryaşın, Erman
dc.contributor.authorTürk, Hatice Dağı
dc.contributor.authorTuncer, İnci
dc.contributor.authorFındık, Duygu
dc.contributor.authorBozdoğan, Bülent
dc.date.accessioned2020-03-26T18:34:06Z
dc.date.available2020-03-26T18:34:06Z
dc.date.issued2013
dc.departmentSelçuk Üniversitesien_US
dc.description.abstractEnterokoklar, özellikle de tedavi seçenekleri sınırlı olan vankomisine dirençli enterokoklar (VDE), önemli nozokomiyal patojenlerdir. Enterokoklar penisilinlere ve aminoglikozidlere düşük düzey dirence sahiptir ve sefalosporinlere intrensek olarak dirençlidir. Ayrıca beta-laktam antibiyotiklere, aminoglikozidlere ve glikopeptidlere yüksek düzey direnç kazanabilir. Bu çalışmanın amacı 2003-2009 yılları arasında kan kültürlerinden izole edilen vankomisine dirençli E.faecium suşlarının glikopeptid direnç mekanizmalarını ve moleküler epidemiyolojik yöntemlerle genetik ilişkilerini belirlemektir. Çalışmaya kan kültürlerinde üreyen 38 VDE suşu alınmış; bakterilerin tanımlanması konvansiyonel yöntemler ve Phoenix 100 BD otomatize sistemi (Becton Dickinson Diagnostic Systems, ABD) ile yapılmış ve 16S rRNA amplikon dizi analizi ile doğrulanmıştır. Antibiyotik duyarlılık testi CLSI önerileri doğrultusunda Kirby-Bauer disk difüzyon yöntemi ile çalışılmıştır. Vankomisine direnç saptanan suşlarda E-Test (AB Biodisk, İsveç) yöntemi ile vankomisin MİK değerleri belirlenmiştir. Vankomisin direnç genlerinden vanA, vanB, vanC ve vanD varlığı polimeraz zincir reaksiyonu (PCR) yöntemiyle araştırılmıştır. Suşlar arasındaki klonal ilişki değişken alanlı jel elektroforezi (PFGE) ve multilokus dizi tiplendirme (MLST) yöntemleri ile belirlenmiştir. Kan kültürlerinden izole edilen 38 enterokok suşu fenotipik yöntemlerle E.faecium olarak tanımlanmış ve 16S rRNA dizi analizi ile doğrulanmıştır. Suşların vankomisin MİK değeri E test ile 256 ?g/ml olarak saptanmıştır. Tüm suşlarda vanA geni pozitif olarak bulunmuştur. VanA geni taşıyan 38 E.faecium izolatının klonal ilişkisi PFGE yöntemiyle araştırılmış; her pulsotip ve alttiplerden MLST için seçilen örneklere dizi analizi yapılmıştır. PFGE ile dört pulsotip (A-D) ve bir adet sporadik izolat saptanmıştır. Bu suşlardan 29’unun A pulsotipine, üçünün B pul-sotipine, ikisinin C pulsotipine ve üçünün ise D pulsotipine ait olduğu belirlenmiştir. A pulsotipindeki 29 izolattan sekizi A1, dokuzu A2, altısı A3, ikisi A4 ve dördü A5 olarak tanımlanmıştır. MLST ile dört farklı dizi tipi (ST) saptanmış; 29 (%76.3) pulsotip A ve alttiplerinin ST117, üç (%7.9) pulsotip B’nin ST280, iki (%5.2) pulsotip C’nin ST18 ve üç (%7.9) pulsotip D’nin ST17 olduğu belirlenmiştir. Sonuç olarak hastanemizde VDE’nin etken olduğu kan dolaşımı enfeksiyonlarının ST117 tipinde hastaneye egemen bir suştan kaynaklandığı görülmüştür. Ancak bu suşun farklı pulsotiplerinin bulunması, uzun süreden beri hastanede mevcut olan suşun genetik farklılıklar oluşturduğunu göstermektedir. Bunun yanında minör pulsotiplere ait enfeksiyonlar da belirlenmiştir. Bu nedenle VDE’lere bağlı hastane enfeksiyonlarının yayılımının önlenmesinde ve kontrolünde direnç paternlerinin belirlenmesi ve klonal ilişkinin gösterilmesi önemlidir.en_US
dc.description.abstractEnterococci, particularly vancomycin-resistant enterococci (VRE), are important nosocomial pathogens with limited treatment options. Enterococci have low-level resistance to penicillins and aminogly- cosides and are intrinsically resistant to cephalosporins. In addition, they can acquire high-level resistance to beta-lactam antibiotics, aminoglycosides and glycopeptides. The aim of this study was to determine glycopeptide resistance mechanisms and genetic relationships of vancomycin-resistant E.faecium strains isolated from blood cultures between 2003-2009 years by molecular epidemiologic methods. A total of 38 VRE strains isolated from blood cultures were included in this study. The isolates were identifi- ed by conventional methods and Phoenix 100 BD automated system (Becton Dickinson Diagnostic Systems, USA) and confirmed by sequence analysis of 16S rRNA amplicons. Antibiotic susceptibility tests were performed by the Kirby-Bauer disk diffusion method accor-ding to the CLSI standards. MIC values of vancomycin were determined in vancomycin resistant strains by E-test (AB Biodisk, Sweden) method. Vancomycin resistance genes included vanA, vanB, vanC, and vanD were investigated by polymerase chain reaction (PCR) method. Clonal relationship between strains was determined by pulsed-field gel electrophoresis (PFGE). Sequence analysis was performed for examples selected for multilocus sequence typing (MLST) of each pulsotype and subtype. Thirty eight strains of enterococci isolated from blood cultures were defined as E.faecium by phenotypic methods and confirmed by 16S rRNA sequence analysis. Vancomycin MIC values of strains were determined as > 256 μg/ml by E test. The vanA gene was detected in all isolates. Clonal relationship of 38 isolates E.faecium carrying the vanA gene was determined by PFGE and MLST methods. PFGE detected four pulsotypes (A-D) and one sporadic isolate. Twenty nine strains belonged to A pulsotype, three strains belonged to B pulsotype, two strains belonged to C pulsotype and three strains belonged to D pulsotype. Out of 29 isolates, eight strains were type A1, nine strains were type A2, six strains were type A3, two strains were type A4 and four strains were type A5. MLST identified four different sequence types (STs). Twenty nine A pulsotype and its subtypes belonged to ST117 (76.3%), three B pulsotype belonged to ST280 (7.9%), two C pulsotype belonged to ST18 (5.2%) and three D pulsotype belonged to ST17 (7.9%). In conclusion, bloodstream infections caused by VRE in our hospital arose from a dominant strain belonged to ST117. However, presence of different pulsotypes of this strain indicated that the strain had been present in the hospital for a long time and had accumulated genetic variations. In addition, infections caused by minor pulsotypes were also detected. Therefore for prevention and control of the spread of nosocomial infections caused by VRE, it is crucial to identify resistance patterns and clonal relationship of these organisms.en_US
dc.identifier.endpage441en_US
dc.identifier.issn0374-9096en_US
dc.identifier.issue3en_US
dc.identifier.startpage432en_US
dc.identifier.urihttp://www.trdizin.gov.tr/publication/paper/detail/TVRVeE1EWXhNUT09
dc.identifier.urihttps://hdl.handle.net/20.500.12395/29019
dc.identifier.volume47en_US
dc.indekslendigikaynakTR-Dizinen_US
dc.language.isotren_US
dc.relation.ispartofMikrobiyoloji Bültenien_US
dc.relation.publicationcategoryMakale - Ulusal Hakemli Dergi - Kurum Öğretim Elemanıen_US
dc.rightsinfo:eu-repo/semantics/openAccessen_US
dc.selcuk20240510_oaigen_US
dc.subjectMikrobiyolojien_US
dc.titleKan kültürlerinden izole edilen vankomisine dirençli enterococcus faecium suşlarının MLST tiplerien_US
dc.title.alternativeMLST Types of vancomycin-resistant enterococcus faecium strains isolated from blood culturesen_US
dc.typeArticleen_US

Dosyalar

Koleksiyon

TR-Dizin İndeksli Yayınlar Koleksiyonu