Karbapenemlere dirençli acinetobacter baumannii suşlarında OXA tipi beta-laktamazların araştırılması ve PFGE ile genotiplendirilmesi

Basit Öğe Kaydı
dc.contributor.authorKeyik, Şerafettin
dc.contributor.authorArslan, Uğur
dc.contributor.authorTürk, Hatice Dağı
dc.contributor.authorSeyhan, Tuba
dc.contributor.authorFındık, Duygu
dc.date.accessioned2020-03-26T18:48:44Z
dc.date.available2020-03-26T18:48:44Z
dc.date.issued2014
dc.departmentSelçuk Üniversitesien_US
dc.description.abstractAcinetobacter baumannii hastane enfeksiyonlarına yol açan, çoklu ilaç direncine sahip fırsatçı ve önemli bir patojendir. Son 10 yıldır, D sınıfı beta-laktamazların yayılması nedeniyle A.baumannii’de karbapenemlere dirençte önemli ve tehdit eden bir artış tüm dünyadan bildirilmektedir. A.baumannii’de karbapenem direncine neden olan en yaygın beta-laktamaz tipleri OXA-23, OXA-24, OXA-40, OXA- 58 ve OXA-143 serin beta-laktamazlardır. Bu çalışmanın amacı, karbapenemlere dirençli A.baumannii suşlarında OXA tipi beta-laktamazların varlığının ve klonal ilişkilerinin araştırılmasıdır. Çalışmaya, Selçuk Üniversitesi Meram Tıp Fakültesi (2007-2008) ve Selçuklu (2009-2012) Tıp Fakültesi Mikrobiyoloji Laboratuvarlarında çeşitli klinik örneklerden (68 kan, 18 bronkoalveoler lavaj, 13 drenaj, 3 idrar, 2 beyin omurilik sıvısı, 1 kateter kültürü) izole edilen karbapenemlere dirençli 105 A.baumannii izolatı alınmıştır. Bakterilerin tanımlanması konvansiyonel yöntemler, Phoenix 100 BD (BD Diagnostic, ABD) ve Vitek II (bioMerieux, Fransa) otomatize sistemleriyle yapılmıştır. Karbapenem duyarlılık testi CLSI önerilerine göre Kirby-Bauer disk difüzyon yöntemiyle saptanmıştır. blaOXA 23-like, blaOXA 24-like, blaOXA 51-like ve blaOXA 58-like genleri multipleks polimeraz zincir reaksiyonuyla araştırılmıştır. blaOXA 23-like ve blaOXA 58-like geni taşıyan A.baumannii izolatlarının klonal ilişkisi ApaI enzimi kullanılarak değişken alanlı jel elektroforez (PFGE) yöntemiyle belirlenmiştir. Karbapenemlere dirençli A.baumannii izolatlarının hepsinde blaOXA 51-like geni tespit edilmiş; blaOXA 23-like ve blaOXA 58-like genleri izolatların sırasıyla %46.6 ve %53.3’ünde saptanırken, blaOXA 24-like hiçbir suşta saptanmamıştır. blaOXA 23-like geni hem Meram Tıp Fakültesi Hastanesinde hem de Selçuklu Tıp Fakültesi Hastanesinde izole edilen suşlarda, blaOXA 58-like geni sadece Meram Tıp Fakültesi Hastanesinde izole edilen suşlarda tespit edilmiştir. PFGE yöntemi ile blaOXA 23-like üreten A.baumannii suşlarında 32 farklı grup ve blaOXA 58-like üreten A.baumannii suşlarında 23 farklı grup belirlenmiştir. 58 like İki hastane arasında ortak bir salgın izolatı saptanmamış; ancak bazı klonların Meram Tıp Fakültesi Hastanesinde küçük salgınlar oluşturduğu görülmüştür. Bu çalışmada, A.baumannii izolatlarında görülen karbapenem direncinde, blaOXA 51-like ile birlikte blaOXA 23-like ve blaOXA 58-like genlerinin önemli rol oynadığı belirlenmiştir. Karbapenemlere dirençli blaOXA 23-like ve blaOXA 58-like üreten A.baumannii hastane suşlarının epidemik bir potansiyele sahip olduğu ve izolatların epidemiyolojik ilişkisini tanımlamak için moleküler yöntemlerin kullanılması gerektiği düşünülmüştür.en_US
dc.description.abstractAcinetobacter baumannii is an important opportunistic and multidrug-resistant pathogen leading to nosocomial infections. Over the last 10 years, a significant and threatening increase in resistance to carbapenems, mainly due to the dissemination of class D beta-lactamases, has been reported in A.baumannii worldwide. The most common types of beta-lactamases causing carbapenem resistance in A.baumannii are the OXA-23, OXA-24, OXA-40, OXA-58 and OXA-143 type serine beta-lactamases. The aim of this study was to investigate the presence of OXA type beta-lactamases in carbapenem-resistant A.baumannii strains and the clonal relationship between the strains. A total of 105 non-duplicate carbapenem-resistant A.baumannii strains isolated from various clinical samples (68 blood, 18 bronchoal- veolar lavage, 13 drainage, 3 urine, 2 cerebrospinal fluid and 1 catheter samples) in the Microbiology Laboratories of Selcuk University, Meram (2009-2012) and Selcuklu (2007-2008) Medical School Hospitals, were included in the study. The isolates were identified by conventional methods and Phoenix 100 BD (BD Diagnostic, USA) and Vitek II (bioMerieux, France) automated systems. Carbapenem sus- ceptibility test was performed by Kirby-Bauer disk diffusion method according to the CLSI standards. blaOXA 23-like, blaOXA 24-like, blaOXA 58-like and blaOXA 51-like genes were amplified by multiplex PCR assay and clonal relatedness was investigated by pulsed-field gel electrophoresis (PFGE) using ApaI enzyme. The blaOXA 51-like gene was determined in all carbapenem-resistant A.baumannii isolates, while the blaOXA 23-like and blaOXA 58-like genes were detected in 46.6% and 53.3% of isolates, respectively. However blaOXA gene was not demonstrated in any isolates. blaOXA 23-like gene was determined in both Meram and 24-like Selcuklu Medical School hospitals, but blaOXA 58-like gene was detected only in Meram Medical School hospital. PFGE analysis of the isolates revealed 32 different groups in blaOXA 23-like producing A.baumannii strains and 23 different groups determined in blaOXA 58-like producing strains. No common epidemic isolates were detected in the two hospitals, however it was noted that some clones produced small outbreaks in Meram MS hospital. In this study it was shown that blaOXA 23-like and blaOXA 58-like genes together with blaOXA 51-like gene had significant roles in the carbapenem-resistance of A.baumannii strains. Carbapenem-resistant A.baumannii strains producing blaOXA 23-like and blaOXA 58-like enzymes showed the epidemic potential of this nosocomial pathogen and the requirement of molecular typing methods to identify the epidemiologic relationship of the isolates.en_US
dc.identifier.endpage565en_US
dc.identifier.issn0374-9096en_US
dc.identifier.issue4en_US
dc.identifier.startpage556en_US
dc.identifier.urihttp://www.trdizin.gov.tr/publication/paper/detail/TVRZeE5UTTJOZz09
dc.identifier.urihttps://hdl.handle.net/20.500.12395/30405
dc.identifier.volume48en_US
dc.indekslendigikaynakTR-Dizinen_US
dc.language.isotren_US
dc.relation.ispartofMikrobiyoloji Bültenien_US
dc.relation.publicationcategoryMakale - Ulusal Hakemli Dergi - Kurum Öğretim Elemanıen_US
dc.rightsinfo:eu-repo/semantics/openAccessen_US
dc.selcuk20240510_oaigen_US
dc.subjectMikrobiyolojien_US
dc.titleKarbapenemlere dirençli acinetobacter baumannii suşlarında OXA tipi beta-laktamazların araştırılması ve PFGE ile genotiplendirilmesien_US
dc.title.alternativeInvestigation of OXA type beta-lactamases and PFGE patterns in acinetobacter baumannii strains resistant to carbapenemsen_US
dc.typeArticleen_US

Dosyalar

Koleksiyon

TR-Dizin İndeksli Yayınlar Koleksiyonu