Tıbbi Mikrobiyoloji/Makale Koleksiyonu

Bu koleksiyon için kalıcı URI

https://hdl.handle.net/20.500.12395/15678

Listeleniyor 1 - 20 / 61

A Case of Prosthetic Infection with Candida Growth in the Knee Joınt
(Selçuk Üniversitesi, 2023 Nisan) Çifci, Şeyma; Demir, Nazlım Aktuğ; Sümer, Şua; Ural, Onur; Çölkesen, Fatma; Dağı, Hatice Türk
Introduction: Fungal prosthetic joint infections constitute a small part of all prosthetic infection cases, and Candida species are the causative agent in most cases. Most fungal prosthetic joint infections occur after revision arthroplasty. Case: A 77-year-old male patient underwent a total knee prosthesis operation for the right knee due to Gon arthrosis. About five months later, he was hospitalized and treated due to a bacterial prosthetic joint infection. Eight days after discharge, he reapplied with complaints of swelling, pain, temperature increase, and redness in the right knee. He was hospitalized again due to a prosthetic joint infection. Antifungal treatment was started for the patient due to the growth of Candida albicans in the knee joint. A total of 2.5 months of antifungal treatment was given. The recovered patient continues to be followed up in the outpatient clinic. Discussion: In this case report, we wanted to emphasize that in the presence of risk factors in prosthetic joint infection, we should not forget that the factor may also be fungus. During the operation, a culture should be taken, and antifungal treatment should be given for effective and long-term fungal-related prosthetic joint infections.
Sars Koronavi̇rüs-2 (Sars-cov-2) Vi̇roloji̇k Özelli̇kleri̇ ve Di̇ğer Koronavi̇rüslerden Farkı
(Selçuk Üniversitesi, 2020 Ekim) Eryılmaz, Ekin; Keşli, Recep
Koronavirüsler, insanlarda ve hayvanlarda çeşitli derecelerde enterik, hepatik, respiratuvar ve sistemik tutulumlar yapabilen büyük bir virüs ailesidir. İnsanlarda enfeksiyona neden olduğu bilinen altı koronavirüsten dördü ( HCoV 229E, HCoV NL63, HCoV HKU1 ve HCoV OC43) immunkompetan bireylerde hafif üst solunum yolu enfeksiyonuna neden olmaktadır. SARS-CoV (Severe Acute Respiratory Syndrome Coronavirus) ve MERS-CoV (Middle East Respiratory Syndrome Coronavirus) zoonotik virüslerdir ve şiddetli alt solunum yolu enfeksiyonu ve hatta ölüme neden olabilmektedir. Çin’de 31 Aralık 2019’da etiyolojisi bilinmeyen pnömoni vakaları bildirilmiştir. Dünya Sağlık Örgütü (WHO) tarafından yeni tip koronavirüse bağlı pnömoni vakaları 11 Şubat 2020’de COVID-19 (Coronavirus Disease 2019) olarak adlandırılmıştır (WHO Report-1, 2020) Önceden 2019-nCov olarak bilinen virüs Koronavirüs Çalışma Grubu tarafından Severe Acute Respiratory Syndrome Coronavirus 2 (SARS-CoV-2) olarak yeniden adlandırmıştır (Gorbalenya vd, 2020). Türkiye’de ilk COVID-19 vakası 11 Mart 2020’de bildirilmiştir. SARS-CoV-2’ nin Betacoronavirus olduğu ve yarasa kökenli batSL-CoVZC45 ve bat-SL-CoVZXC21 ile oldukça yakın ilişki gösterdiği tespit edilmiştir. Bu sonuç; yarasaların SARS-CoV-2 için olası rezervuar konakçılar olduğunu düşündürmektedir.
Konya İli İlköğretim Öğrencilerinde A Grubu Beta Hemolitik Streptokok Taşıyıcılık Oranlarının Araştırılması
(Selçuk Üniversitesi, 2016 Aralık) Uğur, Ayşe Rüveyda; Özkalp, Birol; Tuncer, Emine İnci; Dağı, Hatice Türk
Amaç: A Grubu Beta Hemolitik Streptokoklar (AGBHS), komplike olmamış tonsillofarenjit infeksiyonlarından hayatı tehdit eden sistemik infeksiyonlara kadar geniş yelpazede pek çok hastalığa neden olabilmektedir. AGBHS infeksiyonlarının tedavisinde ilk tercih edilecek ilaç penisilindir. Penisiline allerjisi olan hastalarda makrolidler kullanılabilir. Ancak makrolidlere direnç giderek artmaktadır. Bu çalışmanın amacı, Konya ilinde ilköğretim çağındaki çocuklarda AGBHS taşıyıcılık oranının belirlenmesi ve izole edilen suşların antibiyotik duyarlılıklarının araştırılmasıdır. Gereç ve Yöntem: Yaşları 6-14 arasında değişen 509 çocuktan alınan boğaz sürüntü örnekleri Selçuk Üniversitesi Tıp Fakültesi Tıbbi Mikrobiyoloji Laboratuvarında AGBHS açısından değerlendirilmiştir. Bulgular: AGBHS taşıyıcılık oranı %7 olarak saptanmıştır. İzole edilen bütün suşlar penisilin, eritromisin, klindamisin, azitromisin, seftriakson, levofloksasin, kloramfenikol, vankomisin ve linezolide duyarlı bulunmuştur. On iki AGBHS izolatında tetrasikline orta duyarlılık (%33) ve 4’ünde ise direnç (%11) tespit edilmiştir. Sonuç: Çalışmamızda taşıyıcılık oranlarının beklenen düzeylerde olduğu belirlenmiştir. Makrolidlerin, penisilinin kullanılamadığı durumlarda AGBHS infeksiyonlarının tedavisinde tercih edilebileceği ortaya konmuştur.
Kistik Ekinokokkoz Ön Tanısı Alan Hastaların Seropozitifliklerinin Değerlendirilmesi
(Selçuk Üniversitesi, 2017 Eylül) Çiftçi, Nurullah; Ateş, Fatih; Dağı, Hatice Türk; Fındık, Duygu
Amaç: Kistik ekinokokkoz tanısı klinik semptomlar, görüntüleme teknikleri ve özellikle hasta serumlarında spesifik antikorların saptanması esasına dayanır. Bu çalışma, kistik ekinokokkoz tanısı alan hastaların seropozitifliklerinin retrospektif olarak değerlendirilmesi amacıyla yapılmıştır. Gereç ve Yöntem: Selçuk Üniversitesi Tıp Fakültesi Hastanesi Mikrobiyoloji Laboratuvarı’na 1 Ocak 2010-31 Aralık 2014 tarihleri arasında çeşitli kliniklerden gönderilen 879 hasta serum örneği indirek hemaglütinasyon testi ile çalışılmıştır. Firma önerileri doğrultusunda 1/160 ve üzeri değerler pozitif olarak kabul edilmiştir. Sonuçlar cinsiyet, yaş grupları ve kan serumlarının pozitif titrelerine göre değerlendirilmiştir. Bulgular: Kistik ekinokokkoz şüpheli 879 hasta örneğinin 221’i (%25.1) seropozitif olarak belirlenmiştir. 474 kadın hastanın 134’ünde (%28.3) ve 405 erkek hastanın 87’sinde (%21.5) seropozitiflik saptanmıştır. Seropozitiflik en çok 41-60 yaş grubunda görülmüştür. Sonuç: Türkiye’de hayvanlar üzerine çok fazla çalışma bulunmasına rağmen KE’nin insanlardaki prevalansı hakkında kısıtlı bilgi bulunmaktadır. Konya ilinde KE önemli bir halk sağlığı problemi olmaya devam etmektedir. Bu hastalığa karşı geniş ölçekli önleme ve koruma programı uygulanmalıdır.
Çeşitli Bitki Ekstrelerinin Antibakteriyel Aktivitelerinin Araştırılması
(Selçuk Üniversitesi, 2020 Eylül) Günter, Ümran; Maçin, Salih; Tuncer, Emine İnci
Amaç: İnsanoğlu çok eski yıllardan beri bitkileri birçok hastalığın tedavisinde kullanmışlar ve başarılı sonuçlar almışlardır. Günümüzde birçok bitki ekstresi, özellikle Uzakdoğuda ve bizim ülkemizde birçok hastalığın tedavisinde kullanılmaktadır. Bu çalışmada; keçiboynuzu (Ceratonia siliqua), ebegümeci (Malva sylvestris), ökse otu (Viscum album), sarısabır (Aloe vera) ve nevruz otu (Linaria genistifolia) bitkilerinden elde edilen ekstrelerin, antibakteriyel etkisinin belirlenmesi amaçlandı. Gereç ve Yöntem: Bitkiler kurutularak toz haline getirildi. Hazırlanan toz halindeki bitki örneklerinden 20 gram tartılıp 24 saat metanol ile ekstraksiyonu (maserasyon yöntemi) yapıldı. Bu karışım Whatman kağıdı kullanılarak süzüldü. Daha sonra rotary evaporatörde (50°C’de) ekstraksiyonda kullanılan çözücü tamamen uzaklaştırıldı. Bitki ekstreleri analiz edilinceye kadar +4°C’de saklandı. Çalışmada elde edilen bitki ekstrelerinden 25 mg/mL’lik stok hazırlandı Bitki ekstrelerinin antibakteriyel etkileri beş standart suş ile Clinical ve Laboratory Standards Institute önerileri doğrultusunda minimum inhibitör konsantrasyon sıvı mikrodilüsyon yöntemi kullanılarak test edildi. Çalışmada kullanılan standart suşlar: Escherichia coli ATCC 25922, Klebsiella pneumonia ATCC 700603, Pseudomonas aeruginosa ATCC 27853, Staphylococcus aureus ATCC 29213, Enterococcus faecalis ATCC 29212 idi. Stok bitki ekstraktlarının Mueller Hinton sıvı besiyeri ile son konsantrasyonu 6.25-0.05 mg/mL arası olacak şekilde mikropleytlerde dilüsyonları yapıldı. Gentamisin çalışmanın kontrolü amacıyla kullanıldı. Bulgular: Çalışmaya dahil edilen 4 bitki ekstresinin ilk konsantrasyonu olan 6.25 mg/mL’de, test edilen bakteri suşlarına antibakteriyel etki gösterdiği saptandı. Sadece Linaria genistifolia ekstresinin Standart E.coli suşunda MİK değeri 3.12 mg/mL olarak belirlendi. Sonuç: Sonuç olarak, test edilen bitki ekstrelerinin MİK değerleri yüksek bulunmuş ve yeterli antibakteriyel etki göstermediği saptanmıştır. Aynı bitkilerin farklı ekstraksiyon yöntemleri kullanılarak tekrar antibakteriyel etkilerinin araştırılmasının uygun olacağı kanaatine varılmıştır.
Doğrulanmiş Hiv Pozitif Olgularda Hepatit Virüsler ve Torch Grubu Mikroorganizmaların Serolojik Profillerinin İncelenmesi
(Selçuk Üniversitesi, 2020 Mart) Maçin, Salih; Arslan, Uğur; Fındık, Duygu
Amaç: HIV virüsü, immün sistem yetmezliğine neden olarak, virüs, mantar ve protozoon kaynaklı enfeksiyonlara yakalanma riskini arttırmaktadır. Bu çalışmada; HIV pozitif hastalarda, Hepatitvirüsler (Hepatit A, Hepatit B ve Hepatit C) ve TORCH grubu (Toxoplasma gondii, Rubella, Sitomegalovirüs (CMV), Herpes Simplex Virüs (HSV)) mikroorganizmaların serolojik profillerinin belirlenmesi amaçlanmıştır. Gereç ve Yöntem: 2017-2018 yıllarında Selçuk Üniversitesi Tıp Fakültesi Hastanesi’ne başvuran HIV şüpheli olgular (n:75) retrospektif olarak incelenmiştir. Anti-HIV testi istemi olan serumlardan Architect i1000sr (Abbott Diagnostics, Almanya) cihazıyla "HIV1/2Ag/Ab Combo" testi çalışılmıştır. Pozitif serum örnekleri doğrulama için Türkiye Halk Sağlığı Kurumu Referans Laboratuvarı’na gönderilmiştir. Doğrulanmış pozitif serum örnekleri olan hastalar, laboratuvarımızda HIV-RNA testi ile takip edilmiştir. Bulgular: HIV pozitif hasta serumlarının 53’ünde Anti-HCV çalışılmış ve sadece birinde (%1.9) pozitif saptanmıştır. Anti-HAV IgG ise 26 örneğin 16’sında (%61.5) pozitif olarak saptanmıştır. Toxoplasma IgG (n:49), RubellaIgG (n:35), RubellaIgM (n:21), CMV IgG (n:40) ve HSV2 IgG (n:33)sırasıyla;%20.4, %97.1,%4.8,%92.5 ve%10 pozitif bulunmuştur. Sonuç: Çalışılan hasta grubunda akut enfeksiyon göstergelerinden sadece Rubella IgM (%4.8) pozitif bulunmuştur, zamanla farklı enfeksiyonların da gelişebileceği düşünülmektedir. Günümüzde artan HIV sıklığı göz önüne alındığında, hastaların bu konuda daha fazla bilgilendirilmesi ve HIV pozitif hastaların serolojik profillerinin araştırılması büyük önem taşımaktadır
Pandemi Döneminde Kan Kültürlerinden İzole Edilen Candida Türlerinin Dağılımı ve Antifungal Duyarlılıklarının Değerlendirilmesi
(Selçuk Üniversitesi, 2022) Aydoğan, Senanur; Samadzade, Rugıyya; Maçin, Salih; Fındık, Duygu
Hastane kaynaklı enfeksiyonların en önemli sebeplerinden biri olan Candida türleri, kan kültürlerinde en sık izole edilen mantarlardan biridir. Bu çalışmanın amacı pandemi döneminde kan kültürlerinden izole edilen Candida türlerinin dağılımının ve antifungal duyarlılığının değerlendirilmesidir. Selçuk Üniversitesi Tıbbi Mikrobiyoloji Laboratuvurına gönderilen kan kültürleri Ocak 2020-Temmuz 2022 tarihleri arasında geriye dönük olarak incelenmiştir. Tür tanımlaması ve antifungal duyarlılık testleri için VITEK 2 Compact® sistemi kullanılmıştır. Araştırma sonuçlarına göre Candida albicans 36 (%42.8), Candida parapsilosis 24 (%28.6), Candida glabrata 13 (%15.5), Candida tropicalis 5 (%5.9), Candida krusei (Issatchenkia orientalis) 4 (%4.8), Candida guilliermondii (Meyerozyma guilliermondii) 1 (%1.2) ve Candida sphaerica 1 (%1.2) izolatta saptanmıştır. Ayrıca, çalışmada en yüksek direnç caspofungine (%7.4) saptanırken, en düşük antifungal direnç amfoterisin B’ye (%1.8) karşı belirlenmiştir. Sonuç olarak özellikle yenidoğanlarda, yoğun bakım ünitelerinde tedavi gören hastalarda Candida türlerinin tiplendirilmesi ve antifungal duyarlılıklarının belirlenmesi, tedaviye yön vermesi açısından önemlidir.
Konya Selçuk Üniversitesi Hastanesi’ne Başvuran Hastalarda Saptanan Dermatofitler
(Selçuk Üniversitesi, 2019) Eryılmaz, Ekin; Samadzade, Rugıyya; Maçin, Salih; Fındık, Duygu
Dermatoloji kliniklerine başvuranların önemli bir kısmını dermatofit enfeksiyonu olan hastalar oluşturmaktadır. Dermotofitozlar pekçok hastalığın klinik tablosunu taklit etmektedir. Dermatofitoz etkenlerinin saptanması, korunma ve tedavide yol gösterici olduğu gibi epidemiyolojik çalışmalar için de önemlidir. Bu çalışmada, 01.06.2010 ve 01.06.2019 tarihleri arasında dermotofitoz şüpheli hastalardan alınan örnekler incelenerek, izole edilen dermatofitlerin sıklığı belirlenmiştir ve ayrıca klinik tanı ile laboratuvar tanısı arasındaki uyumun değerlendirilmesi amaçlanmıştır. Dermatofitoz şüpheli hastalardan alınan kıl, deri ve tırnak örnekleri incelenmiştir. Direkt mikroskobik inceleme amacıyla % 10 KOH ile hazırlanan preparatlar hazırlanmıştır. Kültür istemi olan örneklerin ise Sabouraud Dekstroz Agara çift plak ekimleri yapılmıştır. Direkt mikroskobik inceleme yapılan 4993 örnekten 1800’ü (% 36) pozitif olarak bulunmuştur. Kültür sonuçları incelendiğinde; Trichophyton rubrum (Castell.) Sabour. (% 78) en sık izole edilen dermatofit etkeni olup bunu sırasıyla T. tonsurans (% 7.6), T. mentagrophytes (% 3.8), T. verrucosum (% 3.8), Microsporum canis (% 3) ve M. gypseum ( E.Bodin) Guiart&Grigoraki (% 2.3) izlemiştir. Çalışmamızın sonuçlarına göre; direkt mikroskopi sonuçlarıyla klinik tanı arasında % 50.3; kültür sonuçlarıyla klinik tanı arasında ise % 63.6 oranında bir uyum tespit edilmiştir. Bu veriler doğrultusunda, dermatofitoz tanısı için klinik değerlendirmenin yanı sıra, direkt mikroskopik inceleme ve kültür yönteminin yapılmasının yararlı olacağı düşünülmüştür.
Çeşitli klinik örneklerden izole edilen pseudomonas spp. suşlarında antibiyotik direnç ve biyofilm özelliklerinin araştırılması
(Selçuk Üniversitesi, 2022) Aladağ, Mustafa Onur; Pekgül, Osman; Fındık, Duygu
Pseudomonas spp. aerobik, gram negatif, Pseudomonaceae ailesinin üyesi bir cins olup hastane enfeksiyonları arasında önemli bir yer tutan ve yoğun bakım ünitelerinde çözülmesi gereken bir sorun haline gelen bakteri cinsidir. Çalışmamızda çeşitli klinik örneklerden izole edilen toplam 54 adet Pseudomonas spp. suşunda antibiyotik direnç ve biyofilm özellikleri araştırıldı. Bu suşların % 24’ü anestezi ve reanimasyon ünitesinde, % 22’si yenidoğan yoğun bakım ünitesinde, % 15’i çocuk yoğun bakım ünitesinde, % 13’ü iç hastalıkları servisinde, % 9’u acil tıp servisinde, % 6’sı ortopedi servisinde, % 4’ü nöroloji yoğun bakım ünitesinde, % 4’ü iç hastalıkları yoğun bakım ünitesinde, % 4’ü genel cerrahi yoğun bakım ünitesinde yatmakta olan hastalardan izole edildi. Pseudomonas spp. suşlarının antibiyotiklere karşı dirençleri disk difüzyon yöntemi ile test edildi. Aztreonama karşı %94,4, piperasiline %59,3, meropeneme %27,8, levofloksasine %18,5, gentamisin ve imipeneme %16,7, sefepim ve piperasilin tazobaktama % 14,8, netilmisin ve siprofloksasine %13,0, amikasine %11,1 ve seftazidime %7,4 dirençlilik tespit edildi. Suşların biyofilm oluşturma yeteneği kongo kırmızı agar fenotipik tespit yöntemi ile değerlendirildi ve suşların %19’unda biyofilm üretimi pozitif olarak tanımlandı. Elde edilen sonuçlar antibiyotik kullanımına yönelik politikalar geliştirilmesinin önemini, invaziv işlemlerde biyofilm oluşmasını engelleyecek önlemlerin alınmasını ve biyofilm oluşumunun moleküler yöntemlerle araştırılmasının önemini ortaya koymuştur.
Comparison of Culture, Direct Microscopy, and Polymerase Chain Reaction Results for Detection of Mycobacterium Tuberculosis Complex in Clinical Specimens
(Selçuk Üniversitesi, 2022)
Aim: Tuberculosis is a chronic, necrotizing disease known since prehistoric times. The most important stage of the tuberculosis control program is the microbiological identification, typing and detection of drug resistance of the Mycobacterium tuberculosis complex for the detection of active cases. The aim of this study is to compare the results of the methods used in the detection of M.tuberculosis complex in clinical samples. Materials and Methods: The results of the samples sent to the laboratory for the purpose of investigating M. tuberculosis complex between January 2016 and January 2022 from patients with pre-diagnosis of tuberculosis were evaluated retrospectively. In microbiological diagnosis, EhrlichZiehl-Neelsen (EZN) staining method, culture (BACTEC MGIT 320 automated system and Löwenstein Jensen (LJ) medium, and polymerase chain reaction (PCR) tests were used. Results: A total of 1706 samples with all three requests (EZN, culture and TB-DNA) were included in the study. The mean age of the patients was 46.49±25.77 years and 1025 (60.1%) were male. Culture in 48 (2.8%) samples, PCR positivity in 40 (2.3%) and EZN positivity in 32 (1.9%) samples were mostly sent from the departments of chest diseases (52.8%) and pediatrics (24.1%). Conclusion: It was determined that the culture method gave more reliable results than PCR and EZN in demonstrating the presence of M. tuberculosis complex. As a result, since the culture method, gives late results, extensive routine use of molecular tests such as PCR is needed for accurate diagnosis of tuberculosis in a short time and to detect drug resistance.
Çeşitli Klinik Örneklerden İzole Edilen pseudomonas spp. Suşlarında Antibiyotik Direnç ve Biyofilm Özelliklerinin Araştırılması
(Selçuk Üniversitesi Fen Fakültesi, 2022) Aladağ, Mustafa Onur; Pekgül, Osman; Fındık, Duygu
Pseudomonas spp. aerobik, gram negatif, Pseudomonaceae ailesinin üyesi bir cins olup hastane enfeksiyonları arasında önemli bir yer tutan ve yoğun bakım ünitelerinde çözülmesi gereken bir sorun haline gelen bakteri cinsidir. Çalışmamızda çeşitli klinik örneklerden izole edilen toplam 54 adet Pseudomonas spp. suşunda antibiyotik direnç ve biyofilm özellikleri araştırıldı. Bu suşların % 24’ü anestezi ve reanimasyon ünitesinde, % 22’si yenidoğan yoğun bakım ünitesinde, % 15’i çocuk yoğun bakım ünitesinde, % 13’ü iç hastalıkları servisinde, % 9’u acil tıp servisinde, % 6’sı ortopedi servisinde, % 4’ü nöroloji yoğun bakım ünitesinde, % 4’ü iç hastalıkları yoğun bakım ünitesinde, % 4’ü genel cerrahi yoğun bakım ünitesinde yatmakta olan hastalardan izole edildi. Pseudomonas spp. suşlarının antibiyotiklere karşı dirençleri disk difüzyon yöntemi ile test edildi. Aztreonama karşı %94,4, piperasiline %59,3, meropeneme %27,8, levofloksasine %18,5, gentamisin ve imipeneme %16,7, sefepim ve piperasilin tazobaktama % 14,8, netilmisin ve siprofloksasine %13,0, amikasine %11,1 ve seftazidime %7,4 dirençlilik tespit edildi. Suşların biyofilm oluşturma yeteneği kongo kırmızı agar fenotipik tespit yöntemi ile değerlendirildi ve suşların %19’unda biyofilm üretimi pozitif olarak tanımlandı. Elde edilen sonuçlar antibiyotik kullanımına yönelik politikalar geliştirilmesinin önemini, invaziv işlemlerde biyofilm oluşmasını engelleyecek önlemlerin alınmasını ve biyofilm oluşumunun moleküler yöntemlerle araştırılmasının önemini ortaya koymuştur.
Investigation of antibiotic resistance and virulence factors of enterococcus faecium and enterococcus faecalis strains Isolated from clinical samples
(Ankara Mıcrobıology Soc, 2020) Gök, Şerife Merve; Türk Dağı, Hatice; Kara, Fatih; Arslan, Uğur; Fındık, Duygu
Enterococci, which are commonly found in the environment, cause serious infections despite the absence of well-defined virulence factors and toxins. Knowing the virulence properties of enterococci is important to understand the complex pathogenic structures. In this study, we aimed to investigate the virulence factors (asa1, hyl, cylA, efa, ebp, ace, esp, gelE, sprE, fsrA, fsrB, fsrC genes, gelatinase activity, hemolysin, hydrogen peroxide and biofilm production) and antibiotic resistance of Enterococcus faedum and Enterococcus faecalis strains isolated from clinical specimens. A total of 110 enterococcus isolates which were accepted as infectious agents were included in the study. The polymerase chain reaction method was used to identify the isolates and to detect virulence genes. Characteristics of hemolysis, biofilm formation, hydrogen peroxide production and gelatinase activity were investigated by phenotypic methods. The antibiotic susceptibility test was performed with VITEK 2 automated system. E.faecalis ATCC 29212 standard strain was used as a quality control in all tests. Of the 110 enterococci isolates included in the study, 61 were identified as E.faecium and 49 as Efaecalis. The efa gene was the most frequently detected virulence gene (92.7%), followed by ace (83.6%), esp (66.4%), ebp (60.0%), cylA (50.9%), hyl (46.4%), asal (45.5%), gelE, sprE, fsrC (33.6%), fsrA (12.7%) and fsrB (11.8%). All genes except hyl were higher in E.faecalis isolates and the difference was statistically significant (p< 0.05). Twenty-five (51%) Efaecalis and 1 (1.6%) E.faecium isolates had beta-hemolysis and the difference was statistically significant (p= 0.000). Seven (11.5%) E.faecium and 4 (8.2%) Efaecalis isolates formed biofilm, but the difference was not statistically significant (p> 0.05). Two (3.3%) E.faecium and 14 (28.6%) E.faecalis isolates exhibited gelatinase activity and the difference between the two species was statistically significant (p= 0.000). Hydrogen peroxide production was not detected in any of the isolates. The highest resistance rate was determined against ciprofloxacin (70.9%). The resistance to ampicillin was 69.1%, high level streptomycin 65.1%, high level gentamicin 39.4%, vancomycin and teicoplanin 4.5%, and linezolid 1.8%. In conclusion, our data indicated that virulence factors except hyl gene and biofilm production were higher in E.faecalis isolates but E.faecium isolates were more resistant to antibiotics. In order to prevent infection of such virulent or resistant isolates in the hospital setting, infection control measures must be followed. In vivo studies are needed for the better understanding of the virulence of enterococci.
Diagnostics and treatment of dioctophymosis in dogs
(NATL ACAD SCI REPUBLIC KAZAKHSTAN, 2020) Balgimbayeva, A.; Shabdarbaeva, G.; Zhanteliyeva, L.; Ibazhanova, A.; Uslu, Ugur.; Khussainov, D.
This article includes materials on the rare disease in domestic and wild carnivores, dioctophimosis, caused by a helminth from the group of aphasmidia nematodes, Dioctophyme renale, which is parasitic in the kidneys, recently registered in veterinary clinics in Almaty. The disease has important social significance - a person is susceptible to it, the infection of which occurs when raw fish is eaten. In Almaty, according to the statistics of veterinary clinics in recent years (2018-2019), 17 cases of dioctophimosis in dogs have been registered, that is up to 0.3% of the number of dogs examined for helminthiases The appearance of this disease, which is relatively new for our region, can have a significant impact on the epizootiological and epidemiological situation. The results of in vivo laboratory diagnosis of dioctophimosis in dogs by ovoscopic methods are presented, with the provision of microphotos of the parasite eggs; methods of instrumental diagnostics - ultrasound examination (ultrasound) of the kidneys with the provision of photos proving the presence of a parasite in the renal pelvis. Since the only treatment for dioctophimosis is surgery and extraction of dioctophyma from the affected organ (kidney), our own original materials are presented for a step by step surgical intervention to extract helminth from the kidneys of dogs and treat animals The condition of the operated animals is satisfactory, the prognosis for surgery is favorable.
Reference ranges for serum immunoglobulin (IgG, IgA, and IgM) and IgG subclass levels in healthy children
(TUBITAK SCIENTIFIC & TECHNICAL RESEARCH COUNCIL TURKEY, 2019) Bayram, Rumeysa Olcay; Ozdemir, Hulya; Emsen, Ayca; Dagi, Hatice Turk; Artac, Hasibe
Background/aim: The serum immunoglobulin levels are used routinely in clinical practice because they provide key information on the humoral immune status. This study aimed to determine the age-related reference values of serum immunoglobulin levels in healthy children. Materials and methods: A total of 330 healthy children, aged between 0 and 18 years, were included in this study. The serum immunoglobulin levels were measured using a nephelometric method in a total of 11 groups, each group consisting of 30 individuals, and IgG subclasses in 6 groups of children aged more than 2 years. Results: The serum IgG levels were high during the newborn period, decreased until the sixth month, and again increased to a maximum level at the age of 18 years. The level of IgA was found to be extremely low in the newborn period and then increased with age. While the lowest value was in the newborn period for serum IgM level, the highest value was in the 16- to 18-year-old period. The IgG subclasses varied depending on the age groups. Conclusion: The updated reference intervals of immunoglobulin levels in children may be used for the accurate diagnosis of immune deficiencies.
Akut gastroenterit tanılı hastalarda Campylobacter ve Salmonella türlerinin yeri ve antimikrobiklere duyarlılıkları
(AVES, 2019) Çiftçi, Nurullah.; Türk-Dağı, Hatice.; Tuncer, İnci.
Objective: Altough there are many microogranisms that might be the agents of gastroenteritis, routine laboratory tests can not determine all of them with our current techniques. This situation leads to failure of empirical treatment and to economical losses due to incorrect usage of antibiotics. In this study, we aim to investigate prevalence and antimicrobial susceptibility of Campylobacter and Salmonella from patients with acute gastroenteritis. Methods: Between 1 June 2015 and 31 May 2016, stool samples were inoculated on Campylosel agar (bioMerieux, Marcy l'Etoile, France) and GN enrichment broth (Merck, Darmstad, Germany). Campylosel agar incubated at 42 degrees C for 48-72 hours in microaerophilic atmosphere. After 6-8 hours incubation at 37 degrees C, GN enrichment broth was subcultured to EMB agar (Merck, Darmstad, Germany) and Hektoen enteric agar (Merck, Darmstad, Germany). In addition to conventional tests, matrixassisted laser desorption/ionization time-of-flight mass spectrometry confirmed the identification of Campylobacter- or Salmonella-suspected colonies. Antibiotic suscebtibility testing of Campylobacterspecies was carried out with gradient test (Etest 6 , bioMerieux, Marcy l'Etoile, France), and results were evaluated according to EUCAST criteria. Results: Pathogenic microorganisms were isolated in 67 (17.7%) of 379 stool cultures. 42 (62.7%) of them were identified as Campylobacter and 25 (37.3%) of them were identified as Salmonella. Of 42 Campylobacter strains, 41 were identified as C. jejuni, and one was identified as C. coll. 40 (95.2%) of Campylobacter strains were susceptible to erythromycin, 28 (66.7%) were susceptible to tetracycline, and 16 (38.1%) were susceptible to ciprofloxacin. Conclusions: Campylobacter species were the most commonly isolated bacteria as a causative agent of gastroenteritis and according to the antibiotic susceptibility test results erythromycin treatment is recommended for the patients.
Nail digital dermoscopy in onychomycosis: a correlation with clinical type, gender, and culture examination
(ERCIYES UNIV SCH MEDICINE, 2019) Islamoglu, Zeynep Gizem Kaya; Demirbas, Abdullah; Unal, Mehmet; Findik, Duygu
Objective: Onychomycosis (OM) is a common disease that covers both tinea unguium and those remaining cases caused by yeasts, mainly of the Candida and various non-dermatophyte molds. Diagnosis is usually confirmed with direct microscopy and fungal culture. Nail dermoscopy is a non-invasive tool to diagnose various nail disorders and also to avoid time-consuming investigations. The aim of the present study was to determine the dermoscoping findings in OM and to correlate this with clinical type, gender, and culture results. Materials and Methods: This was a cross-sectional study of 100 patients diagnosed with OM according to clinical findings and direct microscopic examination. Nail dermoscopy was performed using a FotoFinder Digital Dermoscope, and images were recorded. A part of the samples was cultured in all patients. Results: The most frequent clinical type was distal lateral subungual onychomycosis (80.0%). The culture was negative in 72.0% of the samples. In the positive group, 48% of Trichophyton rubrum was cultured. The most common dermoscopic findings were longitudinal stria, ruin appearance, and longitudinal leukonychia. In culture-negative samples, irregular termination was most commonly seen. Ruin appearance, brown discoloration, hematoma, and transverse leukonychia, such as brushing, were compatible with total dystrophic OM. Conclusion: Determinative dermoscopic findings for OM, clinical types, and fungus forms were identified. These signs can avoid unnecessary mycology in selected cases.
Necrotizing pneumonia caused by Streptococcus pneumoniae serotype 3 despite PCV13
(SOC ARGENTINA PEDIATRIA, 2019) Alkan, Gulsum; Emiroglu, Melike; Dagi, Hatice T.; Gurbuz, Venhar; Ceyhan, Mehmet
Streptococcus pneumoniae is the most common cause of complicated pneumonia. Pneumococcal necrotizing pneumonia (PNP) is a rare and serotype related complication. Serotypes 1, 3, 14, 15, 19A and 33 were the most reported serotypes in children with PNP before immunization. Despite widespread vaccination, S. pneumoniae is still cause of invasive diseases. We reported a child, fully immunized with 13-valent conjugated pneumococcal vaccine (PCV13) who was diagnosed PNP due to serotype 3. Breakthrough invasive infection caused by S. pneumoniae must be considered in mind despite fully vaccination.
Myroides sp, a rare opportunistic infective agent, at a hospital in Turkey
(SOUTHEAST ASIAN MINISTERS EDUC ORGANIZATION, 2019) Kara, Iskender.; Kalem, Fatma.; Unaldi, Ozlem.; Arslan, Ugur.
Myroides sp is a rare cause of infection, which can be fatal. Myroides spp isolates were obtained from urinal specimens of in- and out-patients attending a hospital in Turkey during July 2015 to November 2017. Myroides sp identification was based on colony morphology, biochemical properties and partial sequence of 16S rDNA, revealing the presence of M. odoratus. Antibiogram profiles showed almost all Myroides sp strains from in-patients (n = 11) were resistant to 13 antibiotics tested except for 50% that were intermediate resistant to tigecycline, whereas strains from out-patients (n = 4) were susceptible or intermediate susceptible. However, all Myroides sp strains lacked the six carbapenem resistance genes examined. Pulse-field gel-electrophoresis demonstrated clonality among four strains from in-patients. Clinical features of five in-patients and two outpatients isolates were believed to be due to Myroides infection and were treated accordingly; however, two died. Two out-patients believed to be infected recovered completely upon treatment. Ten in-patients had renal problems and all outpatients had urological problems or chronic renal failure. Myroides spp caused infection in both immunocompromised and immunocompetent patients in our study. Although tigecycline was used as first line treatment for Myroides-infected in-patients at this hospital, antibiograms of Myroides spp cultured from both in-and out-patients at other hospitals should be maintained to assist in prescribing appropriate antibiotics. Although Myroides infection is rare, its innate multi-drug resistance and propensity among patients with renal and urological problems warrants microbiological attention.
Investigation of some 3H-quinazolin-4-one derivatives in vitro antimicrobial effect and cytotoxicity on human gingival fibroblasts
(TAYLOR & FRANCIS LTD, 2019) Demirel, Ural Ufuk.; Yilmaz, Aydan.; Türkdağı, Hatice.; Öztürk, Bahadır.; Arslan, Uğur.
The aim of this study is to synthesize and investigate antimicrobial and cytotoxic activity of 3 H-quinazolinone (1), and its derivatives, which are 3-(4-hydroxyphenyl)-3,4-dihydroquinazolin-4-one (2), 3-(3-hydroxyphenyl)-3,4-dihydroquinazolin-4-one (3), 3-(pyridin-3-ylmethy)-3,4-dihydroquinazolin-4-one (4) and derivatives of 2-methyl-3H-quinazolinone, which are 2-methyl-3-phenyl-3,4-dihydroquinazolin-4-one (6), 2-methyl-3(4-hydroxyphenyl)-3,4- dihydroquinazolin-4-one (7), 2-methyl-3(4-nitrophenyl)-3,4-dihydroquinazolin-4-one (8), compounds. Compounds 2 and 3 were synthesized newly. All compounds were characterized via infrared, H-1-NMR, C-13-NMR, elemental and mass spectral analysis. The compounds were screened for their antimicrobial activity in vitro against E. faecalis ATCC 29212, P. aeruginosa ATCC 27853, S. aureus ATCC 29213, E. Coli ATCC 25922 bacteria and compared with commercial antibiotics (Ampicillin and Gentamicin). The determination of the antimicrobial activity was done by using the broth microdilution methods. The antimicrobial test results indicated that the compounds (1, 4, 6, and 8) have MIC values against P. aeruginosa ATCC 27853 lower than ampicillin. But clear cytotoxic effects on proliferation of the gingival fibroblasts applications were observed in 1, 4, 6, and 8 when compared to the control group.
First multicentre report of in vitro resistance rates in candidaemia isolates in Turkey
(ELSEVIER SCI LTD, 2019) Arikan-Akdagli, Sevtap.; Gülmez, Dolunay.; Doğan, Özlem.; Çerikçioğlu, Nilgün.; Dereli, Mine Doluca.; Birinci, Asuman.; Yıldıran, Şinasi Taner.; Ener, Beyza.; Öz, Yasemin.; Metin, Dilek Yeşim.; Hilmioğlu-Polat, Süleyha.; Kalkancı, Ayşe.; Koç, Nedret..; Erturan, Zayre.; Fındık, Duygu.
Objectives: This study investigated the antifungal resistance rates of isolates from candidaemia patients in 12 tertiary-care centres in Turkey. Methods: A total of 1991 Candida spp. isolates from 12 centres isolated from 1997-2017 were included in the study. Species/species complex (SC) identification was performed using conventional methods in all centres, occasionally accompanied by MALDI-TOF/MS. Antifungal susceptibility testing was performed for amphotericin B, fluconazole, itraconazole, posaconazole, voriconazole and micafungin (as echinocandin class representative) using the CLSI microdilution method. Resistance rates were determined according to CLSI clinical breakpoints (CBPs). For drugs and species with undetermined CBPs, epidemiological cut-off values were used for wild-type (WT)/non-WT categorisation. Results: No or low rates of resistance were detected in general for tested Candida spp. isolates. Specifically, overall resistance to fluconazole in isolates of Candida parapsilosis SC and Candida glabrata SC were 7.7% and 0.9%, respectively. Resistance rates for C. parapsilosis SC varied extensively from one center to other (0-47.1%). Importantly, no echinocandin resistance was detected. Rates of non-WT isolates were also generally low: fluconazole against Candida lusitaniae, 4.3%; posaconazole against C. parapsilosis SC, 3.5%; posaconazole against Candida krusei, 1.9%; and voriconazole against C. glabrata SC, 0.5%. Conclusion: This is the first multicentre report of antifungal resistance rates among candidaemia isolates in Turkey, suggesting low resistance rates in general. Due to varying rates of fluconazole resistance in C. parapsilosis SC isolates that was detected at remarkably high levels in some centres, further studies are warranted to explore the source, clonal relatedness and resistance mechanisms of the isolates. (C) 2019 International Society for Antimicrobial Chemotherapy. Published by Elsevier Ltd. All rights reserved.

Güncel Gönderiler